Mind the Graph a 3D zobrazování proteinů

Zkoušeli jste někdy vytvořit molekulární ilustraci pomocí klasických molekulárních prohlížečů? Pokud je odpověď ano, pak už znáte ten problém.

Musíte si najít bezplatnou verzi, která vám neshodí počítač, a strávit hodiny hledáním způsobu fungování, případně i kódováním. Bojovat s programy, které jsou složité, neintuitivní a často vyžadují licenci.

Existuje řešení, které se nazývá Protein Imager!

Vytvářejte efektivní vědecké postavy během několika minut

O nástroji Protein Imager

Protein Imager je bezplatný webový prohlížeč molekul, který umožňuje vytvářet molekulární ilustrace na několik kliknutí. Byl vyvinut vědci z 3D studio pro zobrazování proteinů s cílem zefektivnit ilustraci bílkovin.

Proč Protein Imager?

Protein Imager se od ostatních molekulárních prohlížečů liší svou jednoduchostí a přístupností. Pro přístup ke všem funkcím programu Protein Imager se stačí přihlásit pomocí e-mailu a připojení k internetu.

Protein Imager má uživatelsky přívětivé rozhraní, které umožňuje přizpůsobení molekulární ilustrace do všech detailů. Uživatel si může vybrat z různých přednastavených stylů (kreslený, realistický, hrubozrnný povrch) nebo si vizualizaci přizpůsobit podle svých představ.

Příklady přednastavených stylů, které lze použít v aplikaci Protein Imager.

Reprezentace molekul (povrch, kreslený obrázek, koule, tyčinky atd.), režimy barvení, barvy pozadí, stínování a okluze prostředí jsou jen některé z laditelných parametrů, se kterými si uživatelé mohou hrát.

Odborníci mají k dispozici také nástroje pro analýzu dat, jako je superpozice struktur, prohlížeč sekvencí a výběry.

Navíc je kompletně online, což znamená, že se nemusíte instalovat lokálně, řešit zastaralé verze ani problémy s kompatibilitou s operačními systémy. Každé vykreslování se opírá o vyhrazený server a doba vykreslování je obvykle kratší než 1 minuta v závislosti na složitosti ilustrace.

Začněte tvořit na Mind the Graph hned teď

Kdo používá Protein Imager?

Program Protein Imager je tak jednoduchý a intuitivní, že jej může využívat každý, od studentů až po zkušené vědce. Uživatelé mohou popustit uzdu své kreativitě a vytvářet vědecké ilustrace pro různé účely.

Mnozí vědci použili nástroj Protein Imager k ilustraci výsledků svého výzkumu ve svých článcích nebo grafických abstraktech.

Protein Imager používaný vědec Matteo Oliverio k vytváření grafických abstraktů.

Ti kreativnější navrhují obálky časopisů pomocí aplikace Protein Imager. Ti, kteří se věnují vědecké komunikaci, používají Protein Imager k navrhování poutavých vizuálů pro své příspěvky na sociálních sítích.

Profesor Syma Khalid z Oxfordské univerzity vytvořila návrh obálky časopisu Structure, ročník 29, číslo 5, květen 2021..

V neposlední řadě má Protein Imager možnost exportovat molekuly jako objemové soubory (formát VRML2), které používají lékařští ilustrátoři v 3D grafických programech, jako jsou Blender, Cinema 4D, Maya.

Obrázek z portfolia studia vědeckých ilustrací BioSciVisuals. K ilustraci molekul zahrnutých do konečné grafické podoby plakátu byl vedle profesionálních ilustračních nástrojů použit nástroj Protein Imager.

Jste připraveni začít pracovat na Mind the Graph?

Nastartujte své ilustrace

Projdeme si základní kroky, kterými můžete začít svou cestu za ilustrací, ano?

1 - Načtení molekulární struktury

Přejít na Protein Imager a nahrát libovolnou molekulární strukturu z počítače nebo ji načíst z biologických databází, jako je Protein Data Bank nebo databáze Orientations of Proteins in Membranes (OPM).

2 - Přizpůsobení

Prostřednictvím panelu struktury vpravo vyberte molekulární reprezentaci a barevná schémata, v panelech vizualizace dolaďte stínování, světla, okolní okluzi a vyberte přednastavený styl.

3 - Získejte obrázek

Jakmile budete spokojeni s podobou své stavby, požádejte o vykreslení.

Za několik minut si budete moci stáhnout ilustraci ve vysoké kvalitě z panelu vykreslování. Všimněte si, že pro vyžádání vykreslení se musíte zaregistrovat s platnou e-mailovou adresou.

4 - Sdílejte ji se svými spolupracovníky

Až budete se svou prací spokojeni, můžete ji uložit do uživatelské složky, která pojme až 25 MB. Ke každému projektu můžete získat odkaz, který můžete sdílet se spolupracovníky, aby všichni měli stejný přehled.

Začněte používat Mind The Graph právě teď zdarma!

Mind the Graph a 3D zobrazování proteinů

3D Protein Imaging a Mind the Graph samozřejmě tvoří to nejlepší partnerství vůbec!

Můžete použít svůj 3D obrázek bílkoviny a nahrát jej do svého výtvoru na Mind the Graph během sekundy. Chcete-li se naučit nahrávat obrázky, můžete se podívat na výukové video. přímo zde.

Nebo přejděte do svého výtvoru Mind the Graph, klikněte na položku Více na v dolní části levého menu a pak Nahrát, vyberte obrázek a po načtení jej přetáhněte na pracovní plochu a je hotovo!

Kromě toho si můžete vybrat jakoukoli ilustraci dostupnou v galerii Mind the Graph a použít ji společně s obrázky svých proteinů.

Galerie Mind the Graph obsahuje mnoho vizuálně atraktivních obrázků pro váš výzkum, s více než 40 000 vědecky přesnými ilustracemi ve více než 80 populárních oborech. Pokud potřebujete ilustraci, najdete ji na Mind the Graph.

Pokud jste přesto nenašli to, co potřebujete, nebo pokud potřebujete velmi specifickou ilustraci, můžete si vyžádat osobní ilustraci a tým ilustrátorů Mind the Graph ji pro vás navrhne. Vše, co musíte udělat, je vyplnit Mind the Graph Žádost o ikonu formulář uvnitř pracovního prostoru se stručným vysvětlením a referenčním obrázkem. Do týdne obdržíte osobní ilustraci.

Úžasné, že?

Podívejte se na video o tom, jak můžete vytvořit vědeckou postavu pomocí Mind the Graph a použít externí obrázky z 3D Protein Imaging.