Mind the Graph и 3D визуализация белков

Вы когда-нибудь пытались создать молекулярную иллюстрацию с помощью классических молекулярных просмотрщиков? Если ответ положительный, то вы уже знаете, что такое борьба.

Вам придется найти бесплатную версию, которая не выведет ваш компьютер из строя, и потратить часы на то, чтобы понять, как она работает, возможно, с некоторым кодированием. Бороться с программами, которые сложны, неинтуитивны и часто требуют лицензии.

Решение есть, оно называется Белковый имиджер!

Создавайте эффективные научные фигуры за считанные минуты

О Protein Imager

Белковый имиджер это бесплатный веб-просмотрщик молекул, позволяющий создавать молекулярные иллюстрации в несколько кликов. Он был разработан учеными из Студия 3D-изображения белков с целью упорядочить иллюстрацию белков.

Почему именно Protein Imager?

Отличие Protein Imager от других программ просмотра молекул заключается в его простоте и доступности. Чтобы получить доступ ко всем функциям Protein Imager, вам нужно только войти в систему, используя свою электронную почту и подключение к Интернету.

Protein Imager имеет дружественный интерфейс, который позволяет настраивать молекулярную иллюстрацию во всех деталях. Пользователь может выбрать один из различных предустановленных стилей (мультяшный, реалистичный, крупнозернистая поверхность) или настроить визуализацию по своему усмотрению.

Примеры предустановленных стилей, которые можно использовать на Protein Imager.

Молекулярные представления (поверхность, мультфильм, сферы, палочки и т.д.), режимы раскраски, цвета фона, затенение и окклюзия окружающей среды - это лишь некоторые из настраиваемых параметров, с которыми пользователи могут играть.

Экспертам также доступны такие инструменты анализа данных, как наложение структур, просмотр последовательности и выделение.

Более того, он полностью онлайн, что означает отсутствие необходимости локальной установки, работы с устаревшими версиями или проблем совместимости с операционными системами. Каждый рендеринг опирается на выделенный сервер, а время рендеринга обычно составляет менее 1 минуты, в зависимости от сложности иллюстрации.

Начните творить в Mind the Graph прямо сейчас

Кто использует Protein Imager?

Программа Protein Imager настолько проста и интуитивно понятна, что ею могут воспользоваться все - от студентов до опытных ученых. Пользователи могут свободно раскрывать свой творческий потенциал и создавать научные иллюстрации для различных целей.

Многие ученые используют Protein Imager для иллюстрации результатов своих исследований в своих статьях или графических аннотациях.

Протеиновый имиджер, используемый ученый Маттео Оливерио для создания графических абстракций.

Более творческие люди создают обложки журналов с помощью Protein Imager. Те, кто увлечен научной коммуникацией, используют Protein Imager для создания привлекательных визуальных образов для своих постов в социальных сетях.

Профессор Сайма Халид из Оксфордского университета разработал дизайн обложки журнала "Структура", том 29, выпуск 5, май 2021 года.

Наконец, Protein Imager имеет возможность экспорта молекул в виде объемных файлов (формат VRML2), используемых медицинскими иллюстраторами в программах трехмерной графики, таких как Blender, Cinema 4D, Maya.

Изображение из портфолио студии научной иллюстрации BioSciVisuals. Protein Imager использовался для иллюстрации молекул, включенных в окончательную графику плаката, наряду с профессиональными инструментами иллюстрации.

Готовы приступить к работе в Mind the Graph?

Начните работу над иллюстрациями

Давайте рассмотрим основные шаги для начала вашего иллюстративного путешествия?

1 - Загрузить молекулярную структуру

Перейти к Белковый имиджер и загрузить любую молекулярную структуру со своего компьютера или получить ее из биологических баз данных, таких как Protein Data Bank или база данных Orientations of Proteins in Membranes (OPM).

2 - Настроить

Через панель структуры справа выберите молекулярное представление и цветовые схемы, через панели визуализации настройте затенение, освещение, окклюзию, просто выберите предустановленный стиль.

3 - Получить изображение

После того, как вы будете довольны внешним видом вашего строения, запросите рендеринг.

Через несколько минут вы сможете скачать иллюстрацию в высоком качестве с панели рендеринга. Обратите внимание, что для запроса рендеринга необходимо зарегистрироваться, указав действительный адрес электронной почты.

4 - Поделитесь им со своими коллегами

Когда вы будете довольны своей работой, вы можете сохранить ее в папке пользователя, которая хранит до 25 МБ. Вы можете получить ссылку для каждого проекта, чтобы поделиться с коллегами, чтобы все были на одной странице.

Начните использовать Mind The Graph прямо сейчас бесплатно!

Mind the Graph и трехмерная визуализация белков

Конечно, 3D Protein Imaging и Mind the Graph образуют лучшее партнерство!

Вы можете использовать изображение 3D-белка и загрузить его в свое творение в Mind the Graph за секунду. Чтобы узнать, как загружать изображения, вы можете посмотреть обучающее видео прямо здесь.

Или перейдите к созданию Mind the Graph, нажмите кнопку Подробнее в нижней части левого меню, затем Загрузить, выберите изображение, а после загрузки выберите и перетащите изображение на рабочую область, и готово!

Кроме того, вы можете выбрать любую иллюстрацию, доступную в галерее Mind the Graph, чтобы использовать ее вместе с изображениями ваших белков.

В галерее Mind the Graph есть множество наглядных иллюстраций для ваших исследований. 40 000+ научно точных иллюстраций в 80+ популярных областях. Если вам нужна иллюстрация, вы можете найти ее в Mind the Graph.

Тем не менее, если вы не нашли то, что вам нужно, или вам нужна очень специфическая иллюстрация, вы можете запросить индивидуальную иллюстрацию, и команда иллюстраторов Mind the Graph разработает ее для вас. Все, что вам нужно сделать, это заполнить форму Mind the Graph Запросить икону форму, внутри вашего рабочего пространства, с кратким объяснением и эталонным изображением. В течение недели вы получите свою индивидуальную иллюстрацию.

Удивительно, правда?

Посмотрите видео о том, как можно создать научную фигуру с помощью Mind the Graph и использовать внешние изображения из 3D Protein Imaging.