Avete mai provato a creare un'illustrazione molecolare con i classici visualizzatori molecolari? Se la risposta è sì, conoscete già la difficoltà.
Bisogna trovare una versione gratuita che non mandi in crash il computer e passare ore a cercare di capire come funziona, possibilmente con un po' di codifica. Combattere con programmi complicati, poco intuitivi e che spesso richiedono una licenza.
Esiste una soluzione, si chiama Imager di proteine!
Informazioni su Protein Imager
Imager di proteine è un visualizzatore molecolare gratuito basato sul web per creare illustrazioni molecolari in pochi clic. È stato sviluppato da scienziati del Studio di imaging 3D delle proteine con l'obiettivo di semplificare l'illustrazione delle proteine.
Perché Protein Imager?
Ciò che differenzia Protein Imager da altri visualizzatori molecolari è la sua semplicità e accessibilità. Per accedere a tutte le funzionalità di Protein Imager è sufficiente registrarsi con la propria e-mail e una connessione a Internet.
Protein Imager ha un'interfaccia facile da usare che permette di personalizzare l'illustrazione molecolare in ogni dettaglio. L'utente può scegliere tra diversi stili preimpostati (cartoonici, realistici, superficie a grana grossa) o personalizzare la visualizzazione a proprio piacimento.
Le rappresentazioni molecolari (superficie, cartone animato, sfere, bastoncini, ecc.), le modalità di colorazione, i colori di sfondo, l'ombreggiatura e l'occlusione ambientale sono solo alcuni dei parametri regolabili con cui gli utenti possono giocare.
Per gli esperti sono disponibili anche strumenti di analisi dei dati come la sovrapposizione delle strutture, il visualizzatore di sequenze e le selezioni.
Inoltre, è completamente online, il che significa nessuna installazione locale, nessuna gestione di versioni obsolete o problemi di compatibilità con i sistemi operativi. Ogni rendering si basa su un server dedicato e il tempo di rendering è in genere inferiore a 1 minuto, a seconda della complessità dell'illustrazione.
Chi utilizza Protein Imager?
Dai laureandi agli scienziati esperti, Protein Imager è così facile e intuitivo che tutti possono trarne vantaggio. Gli utenti sono liberi di liberare la propria creatività e di creare illustrazioni scientifiche per scopi diversi.
Molti scienziati hanno adottato Protein Imager per illustrare i risultati delle loro ricerche nei loro documenti o negli abstract grafici.
Imager per proteine utilizzato da scienziato Matteo Oliverio per creare astrazioni grafiche.
I più creativi disegnano copertine di riviste con Protein Imager. Gli appassionati di comunicazione scientifica usano Protein Imager per progettare immagini accattivanti per i loro post sui social media.
Professor Syma Khalid dell'Università di Oxford ha realizzato il design per la copertina di maggio 2021 della rivista Structure, Volume 29, Numero 5.
Infine, Protein Imager ha la possibilità di esportare le molecole come file volumetrici (formato VRML2) utilizzati dagli illustratori medici in programmi di grafica 3D come Blender, Cinema 4D, Maya.
Immagine dal portfolio dello studio di illustrazione scientifica BioSciVisuals. Protein Imager è stato utilizzato per illustrare le molecole incluse nella grafica del poster finale insieme a strumenti di illustrazione professionali.
Date il via alle vostre illustrazioni
Esaminiamo i passi fondamentali per iniziare il vostro viaggio nell'illustrazione, che ne dite?
1 - Caricare la struttura molecolare
Vai a Imager di proteine e caricare qualsiasi struttura molecolare dal proprio computer o recuperarla da database biologici come la Protein Data Bank o il database Orientations of Proteins in Membranes (OPM).
2 - Personalizzazione
Attraverso il pannello della struttura sulla destra si scelgono la rappresentazione molecolare e gli schemi di colore, attraverso i pannelli di visualizzazione si regolano le ombre, le luci, l'occlusione ambientale e si sceglie uno stile preimpostato.
3 - Ottenere l'immagine
Una volta soddisfatti dell'aspetto della struttura, richiedete il rendering.
In pochi minuti, sarà possibile scaricare l'illustrazione in alta qualità dal pannello di rendering. Si noti che per richiedere un rendering è necessario registrarsi con un indirizzo e-mail valido.
4 - Condividetelo con i vostri collaboratori
Quando si è soddisfatti del proprio lavoro, è possibile salvarlo nella cartella utente che può contenere fino a 25 MB. È possibile ottenere un link per ogni progetto da condividere con i collaboratori, in modo che tutti siano sulla stessa pagina.
Imaging di proteine Mind the Graph e 3D
Naturalmente, 3D Protein Imaging e Mind the Graph formano la migliore partnership di sempre!
È possibile utilizzare l'immagine della propria proteina 3D e caricarla in un secondo nella propria creazione su Mind the Graph. Per imparare a caricare le immagini è possibile guardare un video tutorial qui.
In alternativa, accedere alla propria creazione Mind the Graph, fare clic su Di più in fondo al menu di sinistra, quindi Caricarescegliete la vostra immagine e, dopo averla caricata, scegliete e trascinate l'immagine nell'area di lavoro e il gioco è fatto!
Inoltre, è possibile scegliere qualsiasi illustrazione disponibile nella Galleria Mind the Graph da utilizzare insieme alle immagini delle proteine.
La galleria Mind the Graph offre molte figure visivamente accattivanti per le vostre ricerche, con oltre 40.000 illustrazioni scientificamente accurate in più di 80 campi popolari. Se avete bisogno di un'illustrazione, potete trovarla su Mind the Graph.
Tuttavia, se non avete trovato quello che vi serve o se avete bisogno di un'illustrazione molto specifica, potete richiedere un'illustrazione personalizzata e il team di illustratori di Mind the Graph la disegnerà per voi. Tutto quello che dovete fare è compilare il modulo Mind the Graph Richiedi un'icona all'interno del vostro spazio di lavoro, con una breve spiegazione e un'immagine di riferimento. Entro una settimana riceverete la vostra illustrazione personalizzata.
Incredibile, vero?
Guardate il video su come creare la vostra figura scientifica con Mind the Graph e utilizzare le immagini esterne di 3D Protein Imaging.
Questo articolo è stato scritto in collaborazione con Martina Maritan, responsabile della comunicazione presso Imaging 3D delle proteine.
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