Ви коли-небудь намагалися створити молекулярну ілюстрацію за допомогою класичних молекулярних переглядачів? Якщо відповідь "так", то ви вже знаєте, з чим доведеться зіткнутися.
Вам доведеться знайти безкоштовну версію, яка не виведе з ладу ваш комп'ютер, і витратити години, намагаючись зрозуміти, як вона працює, можливо, з деяким кодуванням. Боротися зі складними, неінтуїтивно зрозумілими програмами, які часто вимагають ліцензії.
Існує рішення, воно називається Візуалізатор білків!
Про Protein Imager
Візуалізатор білків це безкоштовний веб-переглядач молекул для створення молекулярних ілюстрацій у кілька кліків. Його розробили вчені з Студія 3D візуалізації білків з метою впорядкування ілюстрації білків.
Чому саме Protein Imager?
Що відрізняє Protein Imager від інших програм для перегляду молекул, так це його простота і доступність. Щоб отримати доступ до всіх функцій Protein Imager, вам потрібно лише увійти в систему за допомогою електронної пошти та підключення до Інтернету.
Protein Imager має зручний інтерфейс, який дозволяє налаштувати молекулярну ілюстрацію в кожній деталі. Користувач може обирати між різними попередньо встановленими стилями (мультяшний, реалістичний, грубозерниста поверхня) або налаштувати візуалізацію за власним бажанням.
Молекулярні представлення (поверхня, мультиплікація, сфери, палички тощо), режими розфарбовування, кольори фону, затінення та оклюзія навколишнього середовища - це лише деякі з параметрів, що налаштовуються, з якими користувачі можуть гратися.
Для експертів також доступні інструменти аналізу даних, такі як накладання структур, перегляд послідовностей і виділення.
Крім того, він повністю онлайн, що означає відсутність локальної інсталяції, відсутність проблем із застарілими версіями або сумісністю з вашими операційними системами. Кожна візуалізація виконується на виділеному сервері, а час рендерингу зазвичай не перевищує 1 хвилини, залежно від складності ілюстрації.
Хто використовує Protein Imager?
Protein Imager настільки простий та інтуїтивно зрозумілий, що з ним може працювати будь-хто - від студентів до досвідчених науковців. Користувачі можуть розкрити свій творчий потенціал і створювати наукові ілюстрації для різних цілей.
Багато вчених використовують Protein Imager, щоб ілюструвати результати своїх досліджень у статтях або графічних рефератах.
Protein Imager використовується вчений Маттео Оліверіо для створення графічних анотацій.
Більш креативні створюють обкладинки журналів за допомогою Protein Imager. Ті, хто захоплюється науковою комунікацією, використовують Protein Imager для створення привабливих візуальних зображень для своїх постів у соціальних мережах.
Професор Сіма Халід з Оксфордського університету розробили дизайн обкладинки журналу Structure, Volume 29, Issue 5 за травень 2021 року.
Нарешті, Protein Imager має можливість експортувати молекули у вигляді об'ємних файлів (формат VRML2), які використовуються медичними ілюстраторами в програмах 3D-графіки, таких як Blender, Cinema 4D, Maya.
Зображення з портфоліо студії наукової ілюстрації BioSciVisuals. Для ілюстрації молекул, включених у фінальну графіку плакату, поряд із професійними інструментами для ілюстрації, використовувався Protein Imager.
Почніть створювати свої ілюстрації
Давайте пройдемося по основних кроках, щоб почати свою подорож в ілюстрації, гаразд?
1 - Завантажити молекулярну структуру
Перейдіть до Візуалізатор білків і завантажити будь-яку молекулярну структуру з вашого комп'ютера або отримати її з біологічних баз даних, таких як Protein Data Bank або Orientations of Proteins in Membranes (OPM).
2 - Налаштувати
За допомогою панелі структури праворуч виберіть молекулярне представлення і колірні схеми, за допомогою панелей візуалізації налаштуйте затінення, освітлення, оклюзію навколишнього середовища або просто виберіть попередньо встановлений стиль.
3 - Отримайте зображення
Після того, як ви будете задоволені зовнішнім виглядом вашої структури, замовте візуалізацію.
За кілька хвилин ви зможете завантажити ілюстрацію у високій якості з панелі рендерингу. Зверніть увагу, що для запиту візуалізації ви повинні зареєструватися, вказавши дійсну адресу електронної пошти.
4 - Поділіться нею зі своїми колегами
Коли ви задоволені своєю роботою, ви можете зберегти її в папці користувача, яка зберігає до 25 МБ. Ви можете отримати посилання для кожного проекту, щоб поділитися ним з колегами, щоб усі були на одній сторінці.
Mind the Graph та 3D візуалізація білків
Безумовно, 3D Protein Imaging і Mind the Graph - найкраще партнерство в історії!
Ви можете використовувати своє 3D-зображення білка і завантажити його у свою роботу на Mind the Graph за секунду. Щоб дізнатися, як завантажувати зображення, ви можете переглянути навчальне відео ось тут..
Або перейдіть до свого створення Mind the Graph, натисніть на Більше внизу лівого меню, а потім Завантажитивиберіть ваше зображення, а після завантаження перетягніть його на робочу область, і все готово!
Крім того, ви можете вибрати будь-яку ілюстрацію, доступну в галереї Mind the Graph, щоб використовувати її разом із зображеннями білків.
Галерея Mind the Graph має багато візуально привабливих цифр для ваших досліджень: 40 000+ науково точних ілюстрацій у 80+ популярних галузях. Якщо вам потрібна ілюстрація, ви можете знайти її на Mind the Graph.
Проте, якщо ви не знайшли те, що вам потрібно, або якщо вам потрібна дуже специфічна ілюстрація, ви можете замовити персоналізовану ілюстрацію, і команда ілюстраторів Mind the Graph розробить її для вас. Все, що вам потрібно зробити, це заповнити форму Mind the Graph Попросити ікону у вашому робочому просторі, з коротким поясненням та еталонним зображенням. Протягом тижня ви отримаєте свою персоналізовану ілюстрацію.
Дивовижно, правда?
Перегляньте відео про те, як створити наукову фігуру за допомогою Mind the Graph і використовувати зовнішні зображення з 3D Protein Imaging.
Ця стаття написана у співпраці з Мартіною Марітанспеціаліст з питань комунікації в 3D-зображення білків.
Підпишіться на нашу розсилку
Ексклюзивний високоякісний контент про ефективну візуальну
комунікація в науці.
