On yıllardır, bazı toplumlar dünya çapında melanom insidansında bir artış olduğunu bildirmektedir. Deri, mukoza veya üveadaki melanositlerin neoplazmı melanom olarak bilinir. Tüm kutanöz maligniteler arasında 5% oranında görülmesine rağmen, tüm cilt kanseri ölümlerinin 75%'sinden fazlasından sorumludur.
UV maruziyeti ile melanom gelişimi arasındaki pozitif ilişki iyi bilinmesine rağmen, altta yatan epigenetik mekanizmalar insan melanom dokularında büyük ölçüde keşfedilmemiştir. Bu makalede, patobiyoloji ve ultraviyole maruziyeti ile ilgili prognostik kanser sürücüsü ve yazarın yukarıda bahsedilen konudaki görüşleri tartışılacaktır.
Çalışmanın Amacı
İki bağımsız kutanöz melanom hastası kohortu kullanarak, UV mutasyonları ile bağlantılı genom çapında metilasyon değişikliklerini keşfetmeyi ve doğrulamayı amaçlamaktadırlar. Temel amaç, UV-mutant ve UV-mutant olmayan kutanöz melanomları ayırt etmek için DNA metilomlarının transkriptomlara ve entegre metilom-transkriptomlara karşı tanısal potansiyelini araştırmaktır.
Bütünleştirici bir OMIC yaklaşımı kullanılarak, önceliklendirilmiş diferansiyel olarak metillenmiş genlerin küçük nükleotid varyantları (SNV'ler) ve kopya sayısı varyantları (CNV'ler) kanser sürücüsü potansiyeli açısından değerlendirilmektedir. Bu araştırma, DNA metilomlarının UV ışığına maruz kalma ile ilişkili olan (kutanöz melanom) ve olmayan (akral melanom) belirgin melanom varyantları arasındaki patolojik ve UV ile ilişkili farklılıkları ayırt edip edemeyeceğini inceleyen bir başka araştırma ile de desteklenmektedir. Makaledeki diyagram, çalışmanın amacının ve sürecinin ne olduğunu göstermektedir. Grafiksel gösterim şu şekilde oluşturulmuştur Mind the Graph.
Çalışma ayrıntılı olarak ele alındığında
Klinik biyolojik örneklerde, UV radyasyonu (UV) kutanöz melanom ile ilişkilendirilmiştir, ancak bu mekanizmaların altında yatan epigenetik mekanizmalar henüz belirlenmemiştir. Bu çalışmaya klinik, epigenom (DNA metilom), genom ve transkriptom profillemesi için 112 kutanöz melanom hücresinden oluşan çok etnikli bir kohort dahil edilmiştir. Bu çalışmada, immünolojik ve düzenleyici yolaklarda UV ile indüklenen ve çoklu-OMİK'lerde kanser faktörü olabilecek değişiklikler tanımlanmıştır.
TAPBP (Tap bağlayıcı protein geni), en kritik şekilde ilgili gen olmasının yanı sıra, klinik olarak uygulanabilir fırsatlar sunan hedefli dizileme ile doğrulanmış birkaç UV ile değiştirilmiş metilasyon bölgesi ile bağışıklık fonksiyonunda kritik şekilde yer almaktadır. MHC-I, immünoglobulin süper ailesinin bir üyesi olan TAPBP aracılığıyla antijen işleme ile ilişkili taşıyıcı ile etkileşime girer. Bazı kanserler, sitokin maruziyetinden sonra eski haline dönen TAPBP (tapasin) proteininin aşağı regülasyonunu göstermiştir.
Bu durum, eksik TAPBP ifadesinin yapısal değişikliklerden ziyade düzensizlikten kaynaklanabileceğini düşündürmektedir. Araştırmacılar, TAPBP'nin DNA metilasyon seviyelerinin transkripsiyonla önemli ölçüde ters ilişkili olduğunu ve ikincisinin melanom patolojik kimliğinden ziyade UV maruziyetinin bir sonucu olarak değiştiğini bulmuşlardır. Ne UV-mutant olmayan kutanöz ne de akral melanomların farklı şekilde metillendiği bulunmamıştır.
TAPBP'ye odaklanan bulguların yanı sıra, UV mutasyonlarının kutanöz melanomun metilomunu etkileyen bir dizi epigenetik değişiklikle ilişkili olduğunu bulmuşlardır. Sonuçlar, UV-mutant veya UV-mutant olmayan kutanöz melanomların, aynı patolojik/hücresel kökeni paylaştıklarına inanılsa bile ayrı ayrı sınıflandırılmaları gerekebileceğini göstermektedir. Bunun nedeni, türetildikleri epigenomik ortamın hem maruziyet hem de hücre soyu belirteçleri içerebilmesidir.
Bu çalışmada kutanöz ve akral melanom örneklerine WGS, WES, RNA sekanslama ve DNA metilom çapında profilleme dahil olmak üzere çok sayıda güçlü teknoloji ve son teknoloji biyoinformatik araçlar uygulanmıştır. Araştırmacılar kamuya açık verileri kullanmış ve bunları daha büyük örnek boyutları, daha geniş bir genomik kapsam, kapsamlı fenotipik değerlendirmeler, iyi korunmuş dondurulmuş doku örnekleri ve kutanöz ve Avrupalılar dışındaki etnik kökenlerin yanı sıra melanomların değerlendirilmesini içeren yeni veri kümeleriyle tamamlamıştır.
Bu çalışma sonucunda aşağıdaki çıktılar elde edilmiştir
(1) Kanser riskini sınıflandırmak için kullanılabilecek biyobelirteçlerin keşfedilmesi;
(2) Melanom tiplerinin kendi içinde ve aralarında daha iyi sınıflandırılması;
(3) Melanomagenezden sorumlu olabilecek ve tedavide hedef alınabilecek moleküler etkenleri tanımlamak;
(4) Toplumdaki eşitsizlikleri azaltmak için melanom patobiyolojisi hakkındaki bilgileri artırmak.
Bu çalışma, diğer melanom türlerinde benzer gen-çevre araştırmaları için bir yol haritası sağlamakta ve hem yaygın hem de daha az sıklıkta görülen melanomları kapsamaktadır.
Doğru bilimsel bilgiyi iletmek için daha etkili bir yol
Bu araştırma makalesini anlamak, özellikle güzel grafik çizimleri nedeniyle çok ilginç ve kolaydır. Grafikler şu program kullanılarak oluşturulmuştur Mind the Graph araç. Bir grafik illüstrasyon okuyucuya çeşitli şekillerde fayda sağlayabilir. Mind the Graph'ye ücretsiz kaydolarak ve ilk bilimsel figürünüzü deneyerek araştırmanızın seviyesini yükseltmeyi deneyebilirsiniz.
Yazımıza göz atmayı unutmayın "Bilimsel illüstrasyon: Görsel bilim dünyasının anahtarı“.
Haber bültenimize abone olun
Etkili görseller hakkında özel yüksek kaliteli içerik
bilimde iletişim.
Turkish 
English 
Chinese 
Czech 
Dutch 
French 
German 
Italian 
Indonesian 
Japanese 
Korean 
Polish 
Portuguese 
Russian 
Spanish 
Ukrainian 
Swedish 
Romanian 
Bulgarian 
Finnish 
Greek 
Hungarian 
Norwegian 
Danish 
Estonian 
Slovenian 
Lithuanian 
Latvian 
Slovak