Test RT-PCR za koronavirus

Iz številnih stvari, ki ste jih slišali o COVID-19 v letu 2020, je sredi vsega tega test, ki se uporablja za ugotavljanje, ali je nekdo okužen z virusom, znani test RT-PCR ali samo PCR.

Zagotovo ste za ta test že slišali od zdravnika ali v novicah. Test PCR se uporablja za ugotavljanje prisotnosti (ali odsotnosti) virusa v telesu.

Test RT-PCR ni edini, s katerim je mogoče odkriti virus, vendar je v primerjavi z drugimi metodami najbolj natančen in zanesljiv. Drug test je običajni serološki test, s katerim v vzorcih krvi odkrijemo specifične ravni protiteles.

Črke v RT-PCR pomenijo Reverzna transkripcijska verižna reakcija s polimerazo, ga znanstveniki že desetletja uporabljajo za izdelavo več kopij genskega materiala.

Z drugimi besedami, v tem primeru je več genetskega materiala SARS-CoV-2, ki se uporablja kot prstni odtis za dokazovanje prisotnosti virusa v vzorcih iz nosu, ušes ali sline, zbranih pri bolnikih. Če so v vzorcu skriti kakršni koli virusi, četudi v majhnih količinah, jih bo lahko odkril zaradi svojega cikla kopiranja in prilepljanja. Zato je test RT-PCR tako zanesljiv.

Test je metoda z dvema korakoma znotraj temperaturnega cikla, ki v bistvu izvaja postopek kopiranja in prilepljanja dela genskega materiala, bodisi DNK ali RNK.

Test zahteva termociklični stroj ki ima natančen nadzor temperature in časa. Z več temperaturnimi cikli se virusni genski material poveča. Primer temperaturnega cikla je prikazan v nadaljevanju.

Metoda zahteva dva glavna encima, reverzno transkriptazo (zato je v naslovu "RT") in DNK-polimerazo. Vsak od njiju ima svojo fazo delovanja in funkcijo. Na zgornji sliki je rumena faza cikla, ko deluje RT, in rdeča faza, ko DNK-polimeraza opravlja svoje delo.

Prvi encim izdela komplementarno verigo DNK iz virusa RNK, kar omogoča drugemu encimu, da opravi delo kopiranja in prilepitve iz nove, pravkar izdelane verige DNK, s čimer se poveča količina prisotnega genskega materiala. To pomnoževanje omogoča karakterizacijo in/ali manipulacijo genetskega materiala, ki v manjši količini ne bi bila mogoča.

Pri vseh teh procesih encimi potrebujejo pomoč majhne (ali velike) molekule, imenovane PRIMER. Naloga primerja je, da označi mesto, kjer naj encim začne podaljševati verige, brez njega se postopek kopiranja in lepljenja DNK-polimeraze ne bo začel.

Primer lahko izberete v naključni ali določeni obliki. V takšnih primerih je zelo pomembno poznati genetski zemljevid virusa, da se lahko uporabijo posebni primeri za povečanje učinkovitosti in zanesljivosti rezultatov.

Če ste tako kot mi radovedni in želite izvedeti več podrobnosti o RT-PCR, lahko preverite več podrobnosti ta znanstveni članek tukaj v bistvu pa je tukaj vse, kar je potrebno za izvedbo testa:

Virusni genetski material, RNK

Encimi reverzne transkriptaze in DNK-polimeraze

PRIMERJI

Nukleozidni trifosfati

In fluorescenčna reporterska barvila:

Za ugotavljanje rezultatov vzorca, ki je morda okužen z virusom COVID-19 ali ne, se v kombinaciji s testom RT-PCR uporablja test s fluorescenčnimi reporterskimi barvili. Test temelji na prisotnosti ali odsotnosti fluorescenčnega signala vzorca. Če signala ni, je test lahko negativen ali lažno negativen. Če je prisoten intenziven signal, je lahko test pozitiven ne le za prisotnost virusa, temveč tudi za napredovalo stopnjo bolezni.

Zmešajte vse sestavine in jih dajte v termocikel.

Prvi korak testa je prikazan v naslednji infografiki. Encim RT naredi prvo kopijo genetskega materiala virusa, ki je prisoten v vzorcu. Sledi drugi korak metode RT-PCR. Primer označi začetni položaj in DNK-polimeraza z encimsko reakcijo začne podaljševati verige DNK.

Na tej sliki je elektronska mikrografija virusa SARS-CoV-2, na kateri je dobro vidna struktura virusa. Ali ni to čudovito?

Test je zapleten in ni tako preprost, kot se zdi, vendar stavim, da je bilo z infografikami veliko lažje razumeti celotno sliko njegovega delovanja, kajne?

To lahko storite z vsemi znanstvenimi podatki, ki jih želite, z uporabo Mind the Graph. Platforma je tu zato, da vam omogoči avtonomijo pri boljšem posredovanju znanstvenih informacij. Preberite več o tem, kako uporabljati platformo, in če potrebujete pomoč, se obrnite na nas.!

Referenca

AI, T. et al. Korelacija CT prsnega koša in testiranja RT-PCR za koronavirusno bolezen 2019 (COVID-19) na Kitajskem: Poročilo o 1014 primerih. Radiology, v. 296, št. 2, str. E32-E40, 26. feb. 2020.

GIBELLINI, D. et al. Kvantitativno odkrivanje virusne obremenitve virusa človeške imunske pomanjkljivosti tipa 1 (HIV-1) s tehniko SYBR green RT-PCR v realnem času pri seropozitivnih bolnikih s HIV-1. Journal of Virological Methods, v. 115, št. 2, str. 183-189, 1. februar 2004.

JAMES, D. Preprost in zanesljiv protokol za odkrivanje virusa groovinga jablanovega peclja z RT-PCR in s testom multiplex PCR. Journal of Virological Methods, v. 83, št. 1, str. 1-9, 1. dez. 1999.

LI, Y. et al. Vprašanja stabilnosti testiranja RT-PCR SARS-CoV-2 pri hospitaliziranih bolnikih s klinično diagnozo COVID-19. Journal of Medical Virology, v. 92, št. 7, str. 903-908, 2020.

LIAO, C.-S. et al. Miniaturni sistem RT-PCR za diagnosticiranje virusov na osnovi RNK. Nucleic Acids Research, v. 33, št. 18, str. e156-e156, 1 izid. 2005.

MOHAN, A. et al. Razširjenost virusnih okužb, ugotovljenih s PCR in RT-PCR, pri bolnikih z akutnim poslabšanjem KOPB: sistematični pregled. Respirology, letnik 15, št. 3, str. 536-542, 2010.

NOLAN, T.; HANDS, R. E.; BUSTIN, S. A. Kvantifikacija mRNA z RT-PCR v realnem času. Nature Protocols, v. 1, št. 3, str. 1559-1582, nazaj. 2006.

Novi koronavirus SARS-CoV-2 | Ta transmisijski elektronski mi... | Flickr. Na voljo v: . Dostopno prek: 23 jul. 2020.

Naročite se na naše novice

O podjetju Fabricio Pamplona