Z mnoha věcí, které jste slyšeli o COVID-19 v roce 2020, je uprostřed toho všeho jedna věc, a to test používaný ke zjištění, zda je někdo nakažen virem, slavný test RT-PCR nebo pouze PCR.

Jistě jste již o tomto testu slyšeli, a to od lékařské profesionální nebo ve zprávách. PCR test slouží ke zjištění přítomnosti (či nepřítomnosti) viru v těle člověka.

Test RT-PCR není jediný, který dokáže virus odhalit, ale ve srovnání s ostatními metodami je nejpřesnější a nejspolehlivější. Dalším testem je konvenční sérologický test, který zjišťuje specifické hladiny protilátek ve vzorcích krve.

Písmena v RT-PCR znamenají Reverzní transkripční polymerázová řetězová reakce, vědci ji již desítky let používají k výrobě vícenásobných kopií genetického materiálu.

Jinými slovy, v tomto případě je více genetického materiálu SARS-CoV-2, který se používá jako otisk prstu k prokázání přítomnosti viru ve vzorcích z nosu, uší nebo slin odebraných pacientům. Pokud jsou ve vzorku ukryty nějaké viry i v malém množství, bude schopen je odhalit díky svému kopírovacímu cyklu. Proto je test RT-PCR tak spolehlivý.

Test je metoda, která má v podstatě dva kroky uvnitř teplotního cyklu, který provádí kopírování a vkládání části genetického materiálu, ať už DNA nebo RNA.

Test vyžaduje termocyklér který má přesný řízení teploty a času. V průběhu několika teplotních cyklů dojde k nárůstu virového genetického materiálu. Příklad teplotního cyklu je uveden dále.

Test RT-PCR na koronavirus

Metoda vyžaduje dva hlavní enzymy, reverzní transkriptázu (proto "RT" ve slově "reverzní transkriptáza"). název) a DNA-polymerázy. Každá z nich má svou fázi účinku a funkci. Na obrázku výše je žlutá fáze cyklu, kdy působí RT, a červená fáze, kdy DNA-polymeráza vykonává svou práci.

První enzym vytvoří komplementární vlákno DNA z RNA viru, což umožní druhému enzymu provést kopírování z nového, právě vytvořeného vlákna DNA, a tím zvýšit množství přítomného genetického materiálu. Tato amplifikace umožňuje charakterizovat a/nebo manipulovat s genetickým materiálem, když v menším množství by to nebylo možné.

Test RT-PCR na koronavirus

Aby všechny tyto procesy probíhaly, potřebují enzymy pomoc malého (nebo velkého) molekula s názvem PRIMER. Funkcí primeru je označit místo, kde má enzym začít prodlužovat vlákna, bez něj proces kopírování a vkládání DNA-polymerázy nezačne.

Primer lze zvolit náhodný nebo konkrétní tvar. V takových případech je velmi důležité znát genetickou mapu víru, aby bylo možné použít specifické primery a zvýšit tak účinnost a spolehlivost výsledků.

Pokud jste stejně jako my zvědaví a chcete se dozvědět více podrobností o RT-PCR, můžete se podívat na další podrobnosti.  tento vědecký článek přímo zde  ale v podstatě je zde vše, co je potřeba k provedení testu:

Virový genetický materiál, RNA

Test RT-PCR na koronavirus

Enzymy reverzní transkriptázy a DNA-polymerázy

Test RT-PCR na koronavirus

PRIMERS

Test RT-PCR na koronavirus

Nukleosidtrifosfáty

Test RT-PCR na koronavirus

A fluorescenční reportérová barviva: 

Pro zjištění výsledků vzorku, který může nebo nemusí být kontaminován virem COVID-19, se používá test s fluorescenčními reportérovými barvivy v kombinaci s testem RT-PCR. Test je založen na přítomnosti či nepřítomnosti fluorescenčního signálu vzorku. V případě nepřítomnosti signálu lze test uzavřít jako negativní nebo falešně negativní. V případě přítomnosti intenzivního signálu lze test uzavřít nejen jako pozitivní na přítomnost vírusu, ale také jako pokročilé stadium onemocnění.

Smíchejte všechny ingredience a vložte je do termocyklu. 

První krok testu je zobrazen na obrázku infografika další. Enzym RT vytvoří první kopii genetického materiálu viru přítomného ve vzorku. Následuje druhý krok metody RT-PCR. Primer označí počáteční pozici a DNA-polymeráza prostřednictvím enzymatické reakce začne prodlužovat vlákna DNA.

Test RT-PCR na koronavirus

Test RT-PCR na koronavirus

Test RT-PCR na koronavirus

Konečně, tento obrázek je elektronový mikrografický snímek viru SARS-CoV-2 a je na něm dokonale vidět struktura viru. Není to krásné?  

Test je komplexní a není to tak jednoduché, jak se zdá, ale vsadím se, že s infografikou bylo mnohem snazší pochopit celkový obraz toho, jak to funguje, že?

Můžete to udělat s jakýmkoli vědecký požadované informace pomocí  Mind the Graph. Platforma je tu proto, aby vám poskytla autonomii a umožnila lepší komunikaci. věda informace. Zjistěte více o tom, jak používat platformu, a pokud potřebujete pomoc, kontaktujte nás.!

Odkaz

AI, T. et al. Korelace CT hrudníku a RT-PCR testování na koronavirovou chorobu 2019 (COVID-19) u Čína: Zpráva o 1014 případech. Radiology, roč. 296, č. 2, s. E32-E40, 26. února 2020.

GIBELLINI, D. a kol. Kvantitativní detekce virové nálože viru lidské imunodeficience typu 1 (HIV-1) pomocí techniky SYBR green RT-PCR v reálném čase u HIV-1 séropozitivních pacientů. Journal of Virological Methods, v. 115, č. 2, s. 183-189, 1. února 2004.

JAMES, D. Jednoduchý a spolehlivý protokol pro detekci viru rýhování stonků jabloní pomocí RT-PCR a v multiplexním PCR testu. Journal of Virological Methods, v. 83, č. 1, s. 1-9, 1 dez. 1999.

LI, Y. et al. Problémy se stabilitou RT-PCR testování SARS-CoV-2 u hospitalizovaných pacientů s klinickou diagnózou COVID-19. Journal of Medical Virology, v. 92, č. 7, s. 903-908, 2020.

LIAO, C.-S. a kol. Miniaturní systém RT-PCR pro diagnostiku virů na bázi RNA. Nucleic Acids Výzkum, v. 33, č. 18, s. e156-e156, 1 out. 2005.

MOHAN, A. et al. Prevalence virové infekce detekované pomocí PCR a RT-PCR u pacientů s akutní exacerbací CHOPN: A. systematické recenze. Respirologie, roč. 15, č. 3, s. 536-542, 2010.

NOLAN, T.; HANDS, R. E.; BUSTIN, S. A. Kvantifikace mRNA pomocí RT-PCR v reálném čase. Příroda Protokoly, sv. 1, č. 3, s. 1559-1582, před. 2006.

Nový koronavirus SARS-CoV-2 | Tento přenosový elektronový mi... | Flickr. Disponível em: . Acesso em: 23 jul. 2020.

logo-odběr

Přihlaste se k odběru našeho newsletteru

Exkluzivní vysoce kvalitní obsah o efektivním vizuálním
komunikace ve vědě.

- Exkluzivní průvodce
- Tipy pro návrh
- Vědecké novinky a trendy
- Výukové programy a šablony