Iš daugelio dalykų, kuriuos girdėjote apie COVID-19 2020 m., vienas iš jų yra testas, naudojamas siekiant nustatyti, ar asmuo yra užsikrėtęs šiuo virusu, garsusis RT-PCR testas arba tik PGR.

Be abejo, apie šį testą jau esate girdėję iš medikų ar naujienų. PGR testas naudojamas virusui žmogaus organizme nustatyti (arba ne).

RT-PCR tyrimas nėra vienintelis, kuriuo galima nustatyti virusą, tačiau, palyginti su kitais metodais, jis yra tiksliausias ir patikimiausias. Kitas tyrimas - įprastinis serologinis tyrimas, kuriuo kraujo mėginiuose nustatomas specifinis antikūnų kiekis.

RT-PCR raidės reiškia Atvirkštinės transkripcijos polimerazės grandininė reakcija, jau dešimtmečius mokslininkai jį naudoja daugybei genetinės medžiagos kopijų gaminti.

Kitaip tariant, šiuo atveju daugiau SARS-CoV-2 genetinės medžiagos, kuri naudojama kaip pirštų atspaudai, patvirtinantys viruso buvimą iš pacientų paimtuose nosies, ausų ar seilių mėginiuose. Jei mėginyje yra paslėptų virusų, net ir nedideliais kiekiais, jis galės juos aptikti dėl savo kopijavimo-pašalinimo ciklo. Štai kodėl RT-PCR tyrimas yra toks patikimas.

Testas tai metodas, kurio metu iš esmės atliekami du temperatūros ciklo etapai, kurių metu kopijuojamas ir įklijuojamas genetinės medžiagos (DNR arba RNR) fragmentas.

Testui atlikti reikia termociklerio aparatas kurio tikslus temperatūros ir laiko reguliavimas. Per kelis temperatūros ciklus viruso genetinė medžiaga padidėja. Toliau pateikiamas temperatūros ciklo pavyzdys.

Šiam metodui reikia dviejų pagrindinių fermentų - atvirkštinės transkriptazės (todėl pavadinime ir yra "RT") ir DNR polimerazės. Kiekvienas iš jų turi savo veikimo fazę ir funkciją. Aukščiau pateiktame paveikslėlyje geltonoje ciklo fazėje veikia RT, o raudonoje - DNR polimerazė.

Pirmasis fermentas iš RNR viruso sukuria papildomą DNR grandinę, todėl antrasis fermentas gali kopijuoti ir įklijuoti naują, ką tik sukurtą DNR grandinę, taip padidindamas genetinės medžiagos kiekį. Toks amplifikavimas leidžia apibūdinti genetinę medžiagą ir (arba) ja manipuliuoti, kai mažesniame kiekyje tai būtų neįmanoma.

Kad visi šie procesai vyktų, fermentams reikia mažos (arba didelės) molekulės, vadinamos PRIMERIU. Pradmens funkcija - nurodyti vietą, kurioje fermentas turi pradėti ilginti grandines, be jo DNR polimerazės kopijavimo procesas neprasidės.

Gruntas gali būti pasirinktas atsitiktinis arba tam tikros formos. Tokiais atvejais labai svarbu žinoti viruso genetinį žemėlapį, kad būtų galima naudoti specifinius pradmenis ir taip padidinti rezultatų efektyvumą ir patikimumą.

Jei esate smalsūs kaip ir mes ir norite sužinoti daugiau informacijos apie RT-PCR, galite patikrinti daugiau informacijos  šis mokslinis straipsnis čia  bet iš esmės čia yra viskas, ko reikia bandymui atlikti:

Viruso genetinė medžiaga, RNR

Atvirkštinės transkriptazės ir DNR polimerazės fermentai

PRIMERAI

Nukleozidų trifosfatai

Ir fluorescenciniai reporteriniai dažikliai: 

Norint sužinoti mėginio, kuris gali būti arba nebūti užkrėstas COVID-19 virusu, rezultatus, kartu su RT-PCR tyrimu naudojamas fluorescencinių reporterinių dažų tyrimas. Tyrimas grindžiamas mėginio fluorescencinio signalo buvimu arba nebuvimu. Jei signalo nėra, tyrimas gali būti laikomas neigiamu arba klaidingai neigiamu. Esant intensyviam signalui, galima daryti išvadą, kad virusas ne tik teigiamas, bet ir kad liga yra pažengusios stadijos.

Sumaišykite visas sudedamąsias dalis ir įdėkite į termociklinę mašiną. 

Pirmasis testo etapas parodytas infografike. RT fermentas sukuria pirmąją mėginyje esančio viruso genetinės medžiagos kopiją. Toliau pateikiamas antrasis RT-PCR metodo etapas. Pradmuo nurodo pradžios padėtį, o DNR polimerazė per fermentinę reakciją pradeda ilginti DNR grandines.

RT-PCR koronaviruso tyrimas

Galiausiai šioje nuotraukoje yra SARS-CoV-2 viruso elektroninės mikrografijos vaizdas, iš kurio puikiai matyti viruso struktūra. Argi ne gražu?  

Testas yra sudėtingas ir nėra toks paprastas, kaip atrodo, bet lažinuosi, kad su infografikos buvo daug lengviau suprasti bendrą vaizdą, kaip jis veikia, tiesa?

Tai galite padaryti naudodami bet kokią mokslinę informaciją, kurią norite gauti naudodami  Mind the Graph. Ši platforma skirta suteikti jums savarankiškumo, kad galėtumėte geriau perduoti mokslinę informaciją. Sužinokite daugiau apie tai, kaip naudotis platforma, o jei reikia pagalbos, susisiekite su mumis.!

Nuoroda

AI, T. ir kt. Krūtinės ląstos kompiuterinės tomografijos ir RT-PCR tyrimų dėl 2019 m. koronavirusinės ligos (COVID-19) koreliacija Kinijoje: A Report of 1014 COVIV (COVI): A Report of 1014 Cases. Radiology, v. 296, n. 2, p. E32-E40, 26 fev. 2020.

GIBELLINI, D. ir kt. Kiekybinis 1 tipo žmogaus imunodeficito viruso (ŽIV-1) virusinės apkrovos nustatymas SYBR green realaus laiko RT-PCR metodu ŽIV-1 seropozityviems pacientams. Journal of Virological Methods, t. 115, n. 2, p. 183-189, 2004 m. vasario 1 d.

JAMES, D. Paprastas ir patikimas obelų stiebų raukšlėjimosi viruso aptikimo protokolas, taikant RT-PCR ir daugkartinę PGR analizę. Journal of Virological Methods, v. 83, n. 1, p. 1-9, 1 dez. 1999.

LI, Y. ir kt. SARS-CoV-2 RT-PCR tyrimo stabilumo problemos hospitalizuotiems pacientams, kuriems kliniškai diagnozuotas COVID-19. Journal of Medical Virology, t. 92, n. 7, p. 903-908, 2020.

LIAO, C.-S. ir kt. Miniatiūrinė RT-PCR sistema, skirta RNR pagrindu sukurtiems virusams diagnozuoti. Nucleic Acids Research, t. 33, n. 18, p. e156-e156, 1 iš. 2005.

MOHAN, A. ir kt. Virusinės infekcijos, nustatytos PGR ir RT-PCR metodais, paplitimas pacientams, sergantiems ūminiu LOPL paūmėjimu: sisteminė apžvalga. Respirology, v. 15, n. 3, p. 536-542, 2010.

NOLAN, T.; HANDS, R. E.; BUSTIN, S. A. MRNA kiekybinis įvertinimas naudojant realaus laiko RT-PCR. Nature Protocols, t. 1, n. 3, p. 1559-1582, ago. 2006.

Naujas koronavirusas SARS-CoV-2 | Šis perdavimo elektroninis mi... | Flickr. Disponível em: . Acesso em: 23 jul. 2020.

Susiję straipsniai
logotipas-užsisakyti

Prenumeruokite mūsų naujienlaiškį

Išskirtinis aukštos kokybės turinys apie veiksmingą vaizdinį
bendravimas mokslo srityje.

- Išskirtinis vadovas
- Dizaino patarimai
- Mokslo naujienos ir tendencijos
- Mokomosios medžiagos ir šablonai