Koronavirüs için RT-PCR Testi

2020'de COVID-19 hakkında duyduğunuz pek çok şeyden, hepsinin ortasında yer alan bir şey, birinin virüsle enfekte olup olmadığını tespit etmek için kullanılan test, ünlü RT-PCR testi veya sadece PCR.

Şüphesiz, bu testi daha önce bir tıp uzmanından veya haberlerden duymuşsunuzdur. PCR testi, bir kişinin vücudunda virüsün varlığını (veya olmadığını) tespit etmek için kullanılır.

RT-PCR testi virüsü tespit edebilen tek test değildir, ancak diğer yöntemlerle karşılaştırıldığında en doğru ve güvenilir olanıdır. Bir diğer test ise kan örneklerinde spesifik antikor seviyelerini tespit eden geleneksel seroloji testidir.

RT-PCR'deki harflerin açılımı Ters Transkripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonubilim insanları tarafından genetik materyalin birden fazla kopyasını üretmek için onlarca yıldır kullanılmaktadır.

Başka bir deyişle, bu durumda SARS-CoV-2'den daha fazla genetik materyal, hastalardan toplanan burun, kulak veya tükürük örneklerinde virüsün varlığını kanıtlamak için parmak izi olarak kullanılır. Numunede az miktarda bile olsa herhangi bir virüs gizlenmişse, kopyala-yapıştır döngüsü nedeniyle tespit edebilecektir. RT-PCR testinin bu kadar güvenilir olmasının nedeni budur.

Test DNA'lar veya RNA'lar olsun, bir parça genetik materyalin kopyalama-yapıştırma işlemini yapan, sıcaklık döngüsü içinde temel olarak iki adımı olan bir yöntemdir.

Test için bir termosiklör makinesi ki bu da kesin bir sıcaklık ve zaman kontrolü. Birden fazla sıcaklık döngüsü boyunca viral genetik materyal artacaktır. Bir sıcaklık döngüsü örneği aşağıda gösterilmiştir.

Yöntem iki ana enzim gerektirir: Ters Transkriptaz (başlıktaki "RT" bu yüzden) ve DNA-polimeraz. Her birinin bir etki aşaması ve bir işlevi vardır. Yukarıdaki şekilde, döngünün sarı fazı RT'nin hareket ettiği, kırmızı fazı ise DNA-polimerazın işini yaptığı zamandır.

İlk enzim, RNA virüsünden tamamlayıcı DNA ipliğini oluşturarak ikinci enzimin yeni yapılan DNA ipliğinden kopyalama-yapıştırma işini gerçekleştirmesini sağlar ve mevcut genetik materyal miktarını artırır. Bu amplifikasyon, genetik materyalin karakterize edilmesini ve/veya manipüle edilmesini mümkün kılar, oysa daha küçük bir miktarda bu mümkün olmazdı.

Tüm bu işlemlerin gerçekleşmesi için enzimlerin PRİMER adı verilen küçük (veya büyük) bir molekülün yardımına ihtiyacı vardır. Primer işlevi, enzimin iplikçikleri uzatmaya başlaması gereken konumu belirtmektir, bu olmadan DNA-polimerazın kopyalama-yapıştırma işlemi başlamaz.

Primer rastgele veya belirli bir şekilde seçilebilir. Bu gibi durumlarda vírusun genetik haritasını bilmek çok önemlidir, böylece sonuçların verimliliğini ve güvenilirliğini artırmak için özel primerler kullanılabilir.

Siz de bizim gibi merak ediyorsanız ve RT-PCR hakkında daha fazla bilgi edinmek istiyorsanız, daha fazla ayrıntıya göz atabilirsiniz bu bilimsel makale tam burada ama özünde testi yapmak için gereken her şey burada:

Viral genetik materyal, RNA

Ters Transkriptaz ve DNA-polimeraz enzimleri

ÖNCÜLLER

Nükleozit trifosfatlar

Ve Floresan Reporter Boyalar:

COVID-19 virüsü ile kontamine olmuş veya olmamış bir numunenin sonuçlarını bilmek için, RT-PCR testi ile birlikte floresan raportör boyalar tahlili kullanılır. Test, bir numunenin floresan sinyalinin varlığına veya yokluğuna dayanmaktadır. Sinyal yokluğunda test negatif veya yanlış negatif olarak sonuçlandırılabilir. Yoğun bir sinyalin varlığında sadece vírus varlığı için pozitif değil, aynı zamanda ileri evre bir hastalık olarak da sonuçlandırılabilir.

Tüm malzemeleri karıştırın ve termo-döngü makinesine koyun.

Testin ilk adımı yandaki infografikte gösterilmektedir. RT enzimi, numunede bulunan virüsün genetik materyalinin ilk kopyasını oluşturur. Aşağıda RT-PCR yönteminin ikinci adımını görüyorsunuz. Primer başlangıç pozisyonunu gösterir ve enzimatik reaksiyon yoluyla DNA-polimeraz DNA ipliklerini uzatmaya başlar.

Son olarak, bu resim SARS-CoV-2 virüsünün elektron mikrograf görüntüsüdür ve virüsün yapısını mükemmel bir şekilde görmek mümkündür. Ne kadar güzel değil mi?

Test karmaşıktır ve göründüğü kadar basit değildir, ancak infografiklerle nasıl çalıştığına dair büyük resmi anlamanın çok daha kolay olduğuna bahse girerim, değil mi?

Bunu istediğiniz herhangi bir bilimsel bilgiyi kullanarak yapabilirsiniz Mind the Graph. Platform, bilim bilgilerini daha iyi iletmeniz için size özerklik vermek üzere burada. Platformu nasıl kullanacağınız hakkında daha fazla bilgi edinin ve herhangi bir yardıma ihtiyacınız olursa lütfen bizimle iletişime geçin!

Referans

AI, T. ve diğerleri. Çin'de Koronavirüs Hastalığı 2019 (COVID-19) için Göğüs BT ve RT-PCR Testinin Korelasyonu: 1014 Olgudan Oluşan Bir Rapor. Radiology, v. 296, n. 2, p. E32-E40, 26 fev. 2020.

GIBELLINI, D. ve ark. HIV-1 seropozitif hastalarda SYBR green gerçek zamanlı RT-PCR tekniği ile insan immün yetmezlik virüsü tip 1 (HIV-1) viral yükünün kantitatif tespiti. Journal of Virological Methods, v. 115, n. 2, p. 183-189, 1 fev. 2004.

JAMES, D. RT-PCR ile ve multipleks PCR testinde elma kök kanal açma virüsünün tespiti için basit ve güvenilir bir protokol. Journal of Virological Methods, v. 83, n. 1, p. 1-9, 1 dez. 1999.

LI, Y. ve diğerleri. Klinik olarak COVID-19 teşhisi konan hastanede yatan hastalar için SARS-CoV-2'nin RT-PCR testinin stabilite sorunları. Journal of Medical Virology, v. 92, n. 7, s. 903-908, 2020.

LIAO, C.-S. ve diğerleri. RNA tabanlı virüslerin teşhisi için minyatür RT-PCR sistemi. Nucleic Acids Research, v. 33, n. 18, p. e156-e156, 1 out. 2005.

MOHAN, A. ve ark. KOAH akut alevlenmesi olan hastalarda PCR ve RT-PCR ile saptanan viral enfeksiyon prevalansı: Sistematik bir derleme. Respirology, v. 15, n. 3, s. 536-542, 2010.

NOLAN, T.; HANDS, R. E.; BUSTIN, S. A. Gerçek zamanlı RT-PCR kullanılarak mRNA miktarının belirlenmesi. Nature Protocols, v. 1, n. 3, p. 1559-1582, ago. 2006.

Yeni Koronavirüs SARS-CoV-2 | Bu transmisyon elektron mik... | Flickr. Disponível em: . Erişim tarihi: 23 Temmuz 2020.

Haber bültenimize abone olun

Fabricio Pamplona Hakkında