RT-PCR-testen for koronaviruset - Mind the Graph-bloggen

Av alt du har hørt om covid-19 i 2020, er det én ting som er midt i blinken: testen som brukes til å påvise om noen er smittet med viruset, den berømte RT-PCR-testen eller bare PCR.

Du har helt sikkert allerede hørt om denne testen før, fra en medisinsk eller i nyhetene. PCR-testen brukes til å påvise om viruset er til stede (eller ikke) i kroppen.

RT-PCR-testen er ikke den eneste som kan påvise viruset, men sammenlignet med de andre metodene er det den mest nøyaktige og pålitelige. En annen test er den konvensjonelle serologitesten som påviser spesifikke antistoffnivåer i blodprøver.

Bokstavene i RT-PCR står for Polymerasekjedereaksjon med omvendt transkripsjonI flere tiår har den blitt brukt av forskere til å produsere flere kopier av genetisk materiale.

Med andre ord, i dette tilfellet, mer genetisk materiale fra SARS-CoV-2, som brukes som fingeravtrykk for å påvise tilstedeværelsen av viruset i prøver fra nese, ører eller spytt fra pasienter. Hvis det finnes virus skjult i prøven, selv i små mengder, vil det kunne påvises på grunn av kopi-lim-syklusen. Det er derfor RT-PCR-testen er så pålitelig.

Testen er en metode med i utgangspunktet to trinn i temperatursyklusen, der man kopierer og limer inn et stykke genetisk materiale, enten det er DNA eller RNA.

Testen krever en termosykler-maskin som har en presis temperatur- og tidsstyring. Gjennom flere temperatursykluser vil virusets genetiske materiale øke. Nedenfor vises et eksempel på en temperatursyklus.

Metoden krever to hovedenzymer, den omvendte transkriptasen (det er derfor det står "RT" i tittel) og DNA-polymerasen. Hver av dem har en virkningsfase og en funksjon. I figuren over er den gule fasen av syklusen når RT virker, og den røde fasen er når DNA-polymerasen gjør jobben sin.

Det første enzymet lager den komplementære DNA-strengen fra RNA-viruset, slik at det andre enzymet kan utføre arbeidet med å kopiere og lime inn den nye DNA-strengen, og dermed øke mengden genetisk materiale. Denne amplifikasjonen gjør det mulig å karakterisere og/eller manipulere det genetiske materialet, noe som ikke ville vært mulig i en mindre mengde.

For at alle disse prosessene skal kunne finne sted, trenger enzymene hjelp fra en liten (eller stor) molekyl kalt PRIMER. Primerens funksjon er å indikere hvor enzymet skal begynne å forlenge trådene, og uten primeren vil ikke DNA-polymerasen starte kopieringsprosessen.

Primeren kan velges med en tilfeldig eller en spesifikk form. Det er svært viktig å kjenne det genetiske kartet til vírus i tilfeller som dette, slik at spesifikke primere kan brukes for å øke effektiviteten og påliteligheten til resultatene.

Hvis du er like nysgjerrig som oss og vil vite mer om RT-PCR, kan du lese mer om dette her. denne vitenskapelige artikkelen her men her er i hovedsak alt som trengs for å utføre testen:

Virusets genetiske materiale, RNA

Omvendt transkriptase og DNA-polymerase-enzymer

PRIMERS

Nukleosidtrifosfater

og fluorescerende rapporteringsfargestoffer:

For å få svar på om en prøve er kontaminert med covid-19-virus eller ikke, brukes fluorescerende reporterfargestoffer i kombinasjon med RT-PCR-testen. Analysen er basert på om prøven viser et fluorescerende signal eller ikke. Hvis det ikke er noe signal, kan testen konkluderes som negativ eller falsk negativ. Ved tilstedeværelse av et intenst signal kan testen ikke bare konkluderes som positiv for tilstedeværelse av vírus, men også som et fremskredent stadium av sykdommen.

Bland alle ingrediensene og legg dem i termosyklusmaskinen.

Det første trinnet i testen er vist i figuren Infografikk neste. RT-enzymet lager den første kopien av virusets genetiske materiale i prøven. Nedenfor ser du det andre trinnet i RT-PCR-metoden. Primeren angir startposisjonen, og DNA-polymerasen begynner å forlenge DNA-strengene ved hjelp av en enzymatisk reaksjon.

Til slutt, dette bildet er et elektronmikroskopisk bilde av SARS-CoV-2-viruset, og det er mulig å se perfekt struktur av viruset. Er det ikke vakkert?

Testen er kompleks og er ikke så enkelt som det ser ut til å være, men med infografikken var det sikkert mye lettere å forstå det store bildet av hvordan det fungerer, ikke sant?

Det kan du gjøre med hvilken som helst vitenskapelig informasjonen du ønsker ved hjelp av Mind the Graph. Plattformen er her for å gi deg selvstendighet til å kommunisere bedre. vitenskap informasjon. Les mer om hvordan du bruker plattformen, og kontakt oss hvis du trenger hjelp.!

Referanse

AI, T. et al. Korrelasjon mellom CT av thorax og RT-PCR-testing for koronavirussykdom 2019 (covid-19) hos pasienter med Kina: En rapport om 1014 tilfeller. Radiology, v. 296, n. 2, s. E32-E40, 26 fev. 2020.

GIBELLINI, D. et al. Kvantitativ påvisning av virusmengden av humant immunsviktvirus type 1 (HIV-1) med SYBR green real-time RT-PCR-teknikk hos HIV-1-seropositive pasienter. Journal of Virological Methods, v. 115, n. 2, s. 183-189, 1 fev. 2004.

JAMES, D. A simple and reliable protocol for the detection of apple stem grooving virus by RT-PCR and in a multiplex PCR assay. Journal of Virological Methods, v. 83, n. 1, s. 1-9, 1 des. 1999.

LI, Y. et al. Stabilitetsproblemer ved RT-PCR-testing av SARS-CoV-2 for innlagte pasienter som er klinisk diagnostisert med covid-19. Journal of Medical Virology, v. 92, nr. 7, s. 903-908, 2020.

LIAO, C.-S. et al. Miniatyr-RT-PCR-system for diagnostisering av RNA-baserte virus. Nukleinsyrer Forskning, v. 33, n. 18, s. e156-e156, 1 ut. 2005.

MOHAN, A. et al. Forekomst av virusinfeksjoner påvist ved PCR og RT-PCR hos pasienter med akutt forverring av KOLS: En studie av systematisk Anmeldelse. Respirologi, v. 15, nr. 3, s. 536-542, 2010.

NOLAN, T.; HANDS, R. E.; BUSTIN, S. A. Kvantifisering av mRNA ved hjelp av RT-PCR i sanntid. Natur Protocols, v. 1, n. 3, s. 1559-1582, ago. 2006.

Nytt koronavirus SARS-CoV-2 | Dette transmisjonselektronmikroskopet | Flickr. Tilgjengelig på: . Tilgang: 23. juli 2020.

RT-PCR-test for koronaviruset

Om Fabricio Pamplona

RT-PCR-test for koronaviruset

Relaterte artikler

Abonner på nyhetsbrevet vårt

Om Fabricio Pamplona