Le test RT-PCR pour le coronavirus

Parmi toutes les choses que vous avez entendues sur le COVID-19 en 2020, il y a une chose au milieu de tout cela : le test utilisé pour détecter si une personne est contaminée par le virus, le fameux test RT-PCR ou seulement PCR.

Vous avez certainement déjà entendu parler de ce test, par un professionnel de la santé ou dans les journaux. Le test PCR est utilisé pour détecter la présence (ou non) du virus dans le corps d'une personne.

Le test RT-PCR n'est pas le seul à pouvoir détecter le virus, mais il est, par rapport aux autres méthodes, le plus précis et le plus fiable. Un autre test est le test sérologique classique qui détecte des taux d'anticorps spécifiques dans des échantillons de sang.

Les lettres dans RT-PCR, signifient Réaction en chaîne par polymérase à transcription inverseIl est utilisé depuis des décennies par les scientifiques pour produire des copies multiples de matériel génétique.

En d'autres termes, dans le cas présent, davantage de matériel génétique du SRAS-CoV-2, qui est utilisé comme empreinte digitale pour attester la présence du virus dans les échantillons prélevés dans le nez, les oreilles ou la salive des patients. S'il y a des virus cachés dans l'échantillon, même en petites quantités, il sera capable de les détecter en raison de son cycle de copier-coller. C'est pourquoi le test RT-PCR est si fiable.

Le test est une méthode comportant essentiellement deux étapes à l'intérieur d'un cycle de température, qui effectue un processus de copier-coller d'un morceau de matériel génétique, qu'il s'agisse d'ADN ou d'ARN.

Le test nécessite un machine à thermocycler qui a une précision contrôle de la température et du temps. Grâce à de multiples cycles de température, le matériel génétique viral va augmenter. Un exemple de cycle de température est présenté ci-dessous.

La méthode nécessite deux enzymes principales, la transcriptase inverse (d'où le "RT" dans le titre) et l'ADN polymérase. Chacune d'entre elles a une phase d'action et une fonction. Dans la figure ci-dessus, la phase jaune du cycle est celle où la RT agit, et la phase rouge celle où l'ADN-polymérase fait son travail.

La première enzyme fabrique le brin d'ADN complémentaire du virus à ARN, ce qui permet à la seconde enzyme d'effectuer le travail de copier-coller à partir du nouveau brin d'ADN qui vient d'être fabriqué, augmentant ainsi la quantité de matériel génétique présent. Cette amplification permet de caractériser et/ou de manipuler le matériel génétique, alors qu'il serait impossible de le faire en plus petite quantité.

Pour que tout ce processus se produise, les enzymes ont besoin de l'aide d'une petite (ou grande) molécule appelée PRIMER. La fonction de l'amorce est d'indiquer l'endroit où l'enzyme doit commencer à étendre les brins. Sans elle, le processus de copier-coller de l'ADN-polymérase ne peut pas commencer.

L'amorce peut être choisie avec une forme aléatoire ou spécifique. Il est très important de connaître la carte génétique du vírus dans des cas comme celui-ci, afin de pouvoir utiliser des amorces spécifiques pour augmenter l'efficacité et la fiabilité des résultats.

Si vous êtes curieux comme nous et que vous souhaitez en savoir plus sur la RT-PCR, vous pouvez consulter les informations suivantes cet article scientifique ici même mais en gros, voici tout ce qui est nécessaire pour faire le test :

Le matériel génétique viral, l'ARN

Transcriptase inverse et enzymes ADN-polymérase

PRIMAIRES

Nucléosides triphosphates

et des colorants fluorescents :

Pour connaître les résultats d'un échantillon qui peut ou non être contaminé par le virus COVID-19, le test des colorants rapporteurs fluorescents est utilisé en combinaison avec le test RT-PCR. Le test est basé sur la présence ou non d'un signal fluorescent de l'échantillon. En l'absence de signal, le test peut être considéré comme négatif ou faux-négatif. En présence d'un signal intense, on peut conclure non seulement à la présence de vírus mais aussi à un stade avancé de la maladie.

Mélangez tous les ingrédients et mettez-les dans la machine à thermocycle.

La première étape du test est illustrée dans l'infographie suivante. L'enzyme RT fait la première copie du matériel génétique du virus présent dans l'échantillon. Vous voyez ensuite la deuxième étape de la méthode RT-PCR. L'amorce indique la position de départ et l'ADN-polymérase, par réaction enzymatique, commence à étendre les brins d'ADN.

Enfin, cette photo est une image de micrographie électronique du virus SRAS-CoV-2, et il est possible de voir parfaitement la structure du virus. N'est-ce pas magnifique ?

Le test est complexe et n'est pas aussi simple qu'il n'y paraît, mais je parie qu'avec les infographies, il était beaucoup plus facile de comprendre la vue d'ensemble de son fonctionnement, non ?

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Référence

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