PyScratch adalah perangkat lunak sumber terbuka baru yang diimplementasikan dalam Python untuk analisis pengujian data migrasi, dengan antarmuka yang ramah pengguna yang memungkinkan para ilmuwan dengan sedikit atau tanpa keterampilan pemrograman untuk menggunakannya.
Perangkat lunak ini dirancang dalam kemitraan antara tiga ilmuwan Brasil di laboratorium Interaksi Sel Nano di Universitas Campinas pada tahun 2017.
Perangkat lunak ini lahir dari kebutuhan para ilmuwan ini, dan saat ini tujuan perangkat lunak ini adalah untuk memfasilitasi praktik sehari-hari para peneliti, mengecualikan analisis manual, meningkatkan reproduktifitas, dan meminimalkan kesalahan manusia.
Analisis gambar telah menjadi salah satu cara terpenting yang digunakan oleh para ilmuwan dalam berbagai metodologi untuk menganalisis hasil.
Tidak hanya penggunaan mikroskop otomatis yang meningkat dalam beberapa tahun terakhir, tetapi juga kerumitan data yang diperoleh.
Bagian dari tugas seorang ilmuwan adalah menemukan cara menangani jenis informasi baru, selain itu, menganalisis dan memproses data.
Agar hal itu terjadi, para ilmuwan membutuhkan alat yang baik dan khusus untuk mengekstrak dan menginterpretasikan semua data dengan benar.
PyScratch pertama kali dibuat untuk membantu Fernanda Garcia-Fossa, seorang peneliti biologi, untuk menganalisis sejumlah besar data dari uji migrasi yang dilakukannya.
"Saya melakukan goresan sel kanker dan menginkubasi dalam peralatan selama 48 jam, mengambil gambar setiap 15 menit, dan pada akhir percobaan, saya memiliki sekitar seribu gambar untuk dilihat dan dianalisis!
Tidak mungkin melakukannya secara manual," kata Garcia-Fossa. Untuk mengatasi masalah tersebut, Garcia-Fossa meminta bantuan rekannya, ahli fisika Vladimir Gaal, yang pada saat itu sedang belajar Python, yang merupakan kesempatan bagus untuk mempraktikkan pengetahuan tersebut.
Jadi, keduanya bekerja dalam solusi melalui rutinitas Python, yang mengenali area yang tergores dan diekspor ke file csv.
"Seiring berjalannya waktu, kami merasa perlu untuk mengembangkan antarmuka pengguna agar lebih mudah digunakan, dengan cara itu kami dapat mempublikasikan perangkat lunak untuk setiap peneliti yang perlu menggunakannya juga", kata Garcia-Fossa tentang artikel perangkat lunak yang dapat Anda lihat klik di sini.
Garcia-Fossa juga mengatakan bahwa mereka memerlukan waktu untuk mengenali dan menentukan area migrasi dari gambar-gambar tersebut, karena gambar-gambar tersebut bisa sangat berbeda satu sama lain karena cahaya, fokus dan kontras, dan versi yang digunakan saat ini sudah dapat menganalisis dengan cukup baik.
Namun demikian, mereka masih mengupayakan agar perangkat lunak ini dapat meluncurkan versi yang baru dan lebih baik, karena artikel yang diterbitkan telah memunculkan beberapa kebutuhan perbaikan karena permintaan pengguna.
Uji yang digunakan untuk memvalidasi kinerja perangkat lunak, uji migrasi, atau uji awal, atau penyembuhan luka, adalah uji yang biasa digunakan dalam biologi karena memungkinkan untuk menganalisis mekanisme yang mendasari peristiwa seluler fisiologis dan patologis.
Mempelajari penyembuhan luka adalah cara penting untuk memahami perkembangan dan pemodelan jaringan, selain angiogenesis dan perkembangan tumor.
Ketika pengujian dilakukan dalam dua dimensi, dimungkinkan untuk mengukur seberapa cepat sel bereaksi terhadap luka, yang mencakup area yang ditentukan.
Dengan kata lain, percobaan ini pada dasarnya adalah, menciptakan celah pada lapisan tunggal sel pertemuan dalam plak.
Seiring berjalannya waktu, untuk mengisi celah tersebut, sel-sel mulai bermigrasi, dan kecepatan migrasi sel dapat diukur.
Kemudian, untuk mengukur kecepatan migrasi sel, mereka perlu memperoleh gambar, banyak gambar, yang pada gilirannya merupakan langkah analisis yang bermasalah, karena memerlukan pengukuran manual.
Untungnya, saat ini kami memiliki banyak teknologi yang tersedia untuk meningkatkan dan meningkatkan jalur analisis kami, sehingga para ilmuwan dapat mengadopsi cara yang lebih baik dan lebih personal untuk mendapatkan hasil.
Seperti yang dilakukan Garcia-Fossa dan Gaal.
Saat ini, Anda dapat menemukan alat komersial dan non-komersial lainnya yang tersedia untuk memproses area luka.
Namun, mereka tidak sesederhana PyScratch, dan membutuhkan beberapa tingkat pemrograman dari pengguna dan juga membutuhkan perhatian penuh dari pengguna, membuat analisis lebih rentan terhadap kesalahan manusia, ditambah lagi dengan waktu yang dibutuhkan peneliti untuk menganalisis semua gambar dan data.
Dalam artikel tersebut, penulis menjelaskan cara kerja perangkat lunak. Dari semua gambar yang dibuat dalam percobaan, pengguna mendapatkan file comma-separated values (.cvs), sebuah output yang menyimpan data tabular dalam teks biasa.
Pengguna kemudian dapat memproses data dalam rutinitas mereka yang biasa. Garcia-Fossa mengatakan bahwa program ini sangat penting untuk tesis masternya, "Perangkat lunak ini mengubah data input menjadi nilai yang masuk akal secara biologis, seperti kecepatan migrasi sel.
Saya dapat menganalisis efek nanopartikel saya dengan lebih baik pada sel kanker prostat dan mengukur kecepatan migrasi sel, dan waktu yang tepat untuk penutupan yang baik, semuanya berkat PyScratch."
Jika Anda ingin mencoba PyScratch untuk penelitian Anda, perangkat lunak ini tersedia secara gratis dan semua orang dari komunitas ilmiah diizinkan untuk menggunakannya, membantu Garcia-Fossa dan Gaal untuk menyempurnakan dan meningkatkan program ini.
____
Bagaimana pengalaman Anda menggunakan Mind the Graph sejauh ini? Bantu kami meningkatkan platform kami untuk Anda dan banyak ilmuwan lain yang menulis ulasan Mind the Graph. Ceritakan pengalaman Anda, cukup klik di sini.
Berlangganan buletin kami
Konten eksklusif berkualitas tinggi tentang visual yang efektif
komunikasi dalam sains.
