{"id":15202,"date":"2021-10-29T13:59:11","date_gmt":"2021-10-29T15:59:11","guid":{"rendered":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/?p=15202"},"modified":"2023-01-05T13:07:06","modified_gmt":"2023-01-05T16:07:06","slug":"mind-the-graph-and-3d-protein-imaging-2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/tr\/zihin-grafigi-ve-3d-protein-goruntuleme-2\/","title":{"rendered":"Mind the Graph ve 3D Protein G\u00f6r\u00fcnt\u00fcleme"},"content":{"rendered":"

Hi\u00e7 klasik molek\u00fcler g\u00f6r\u00fcnt\u00fcleyicilerle molek\u00fcler bir ill\u00fcstrasyon olu\u015fturmay\u0131 denediniz mi? Cevab\u0131n\u0131z evet ise, o zaman m\u00fccadeleyi zaten biliyorsunuz demektir. <\/p>\n\n\n\n

Bilgisayar\u0131n\u0131z\u0131 \u00e7\u00f6kertmeyen \u00fccretsiz bir s\u00fcr\u00fcm bulman\u0131z ve nas\u0131l \u00e7al\u0131\u015ft\u0131\u011f\u0131n\u0131 anlamak i\u00e7in saatler harcaman\u0131z gerekiyor, muhtemelen biraz kodlama da i\u015fin i\u00e7ine giriyor. Karma\u015f\u0131k, sezgisel olmayan ve genellikle lisans gerektiren programlarla m\u00fccadele edin.<\/p>\n\n\n\n

Bir \u00e7\u00f6z\u00fcm var, ad\u0131 Protein G\u00f6r\u00fcnt\u00fcleyici<\/a>!<\/p>\n\n\n\n

\n
Dakikalar \u0130\u00e7inde Etkili Bilim Fig\u00fcrleri Olu\u015fturun<\/a><\/div>\n<\/div>\n\n\n\n

Protein Imager Hakk\u0131nda<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Protein G\u00f6r\u00fcnt\u00fcleyici<\/a> birka\u00e7 t\u0131klamayla molek\u00fcler ill\u00fcstrasyonlar olu\u015fturmak i\u00e7in \u00fccretsiz bir web tabanl\u0131 molek\u00fcler g\u00f6r\u00fcnt\u00fcleyicidir. Bilim adamlar\u0131 taraf\u0131ndan geli\u015ftirilmi\u015ftir. 3D Protein G\u00f6r\u00fcnt\u00fcleme st\u00fcdyosu<\/a> Protein ill\u00fcstrasyonunu kolayla\u015ft\u0131rmak amac\u0131yla.<\/p>\n\n\n\n

Neden Protein G\u00f6r\u00fcnt\u00fcleyici?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Protein Imager'\u0131 di\u011fer molek\u00fcler g\u00f6r\u00fcnt\u00fcleyicilerden ay\u0131ran \u015fey basitli\u011fi ve eri\u015filebilirli\u011fidir. T\u00fcm Protein Imager i\u015flevlerine eri\u015fmek i\u00e7in yaln\u0131zca e-postan\u0131z ve internet ba\u011flant\u0131n\u0131zla oturum a\u00e7man\u0131z yeterlidir.<\/p>\n\n\n\n

Protein Imager, molek\u00fcler ill\u00fcstrasyonun her ayr\u0131nt\u0131da \u00f6zelle\u015ftirilmesine olanak tan\u0131yan kullan\u0131c\u0131 dostu bir aray\u00fcze sahiptir. Kullan\u0131c\u0131, \u00f6nceden ayarlanm\u0131\u015f farkl\u0131 stiller (karikat\u00fcrize, ger\u00e7ek\u00e7i, kaba taneli y\u00fczey) aras\u0131ndan se\u00e7im yapabilir veya g\u00f6rselle\u015ftirmeyi istedi\u011fi gibi \u00f6zelle\u015ftirebilir.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a>
Protein Imager'da kullan\u0131labilecek \u00f6nceden ayarlanm\u0131\u015f stil \u00f6rnekleri.<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

Molek\u00fcler temsiller (y\u00fczey, karikat\u00fcr, k\u00fcreler, \u00e7ubuklar, vb.), renklendirme modlar\u0131, arka plan renkleri, g\u00f6lgelendirme ve ortam t\u0131kan\u0131kl\u0131\u011f\u0131, kullan\u0131c\u0131lar\u0131n oynayabilece\u011fi ayarlanabilir parametrelerden sadece birka\u00e7\u0131d\u0131r.<\/p>\n\n\n\n

\"\"\/<\/a><\/figure>\n\n\n\n

Yap\u0131 s\u00fcperpozisyonu, sekans g\u00f6r\u00fcnt\u00fcleyici ve se\u00e7imler gibi veri analiz ara\u00e7lar\u0131 da uzmanlar i\u00e7in mevcuttur.<\/p>\n\n\n\n

Dahas\u0131, tamamen \u00e7evrimi\u00e7idir, yani yerel kurulum, eski s\u00fcr\u00fcmlerle u\u011fra\u015fmak veya i\u015fletim sistemlerinizle uyumluluk sorunlar\u0131 yoktur. Her render \u00f6zel bir sunucuya dayan\u0131r ve render s\u00fcresi ill\u00fcstrasyonun karma\u015f\u0131kl\u0131\u011f\u0131na ba\u011fl\u0131 olarak genellikle 1 dakikadan azd\u0131r.<\/p>\n\n\n\n

\n
Mind the Graph'de Yaratmaya \u015eimdi Ba\u015flay\u0131n<\/a><\/div>\n<\/div>\n\n\n\n

Protein Imager'\u0131 kimler kullan\u0131r?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Protein Imager, lisans d\u00fczeyinden deneyimli bilim insanlar\u0131na kadar herkesin yararlanabilece\u011fi kadar kolay ve sezgiseldir. Kullan\u0131c\u0131lar yarat\u0131c\u0131l\u0131klar\u0131n\u0131 serbest b\u0131rakmakta ve farkl\u0131 ama\u00e7lar i\u00e7in bilimsel ill\u00fcstrasyonlar olu\u015fturmakta \u00f6zg\u00fcrd\u00fcr. <\/p>\n\n\n\n

Bir\u00e7ok bilim insan\u0131, ara\u015ft\u0131rma bulgular\u0131n\u0131 makalelerinde veya grafiksel \u00f6zetlerinde g\u00f6stermek i\u00e7in Protein Imager'\u0131 benimsemi\u015ftir. <\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure>\n\n\n\n

Taraf\u0131ndan kullan\u0131lan Protein G\u00f6r\u00fcnt\u00fcleyici bilim adam\u0131 Matteo Oliverio<\/a> grafiksel \u00f6zetler olu\u015fturmak i\u00e7in.<\/p>\n\n\n\n

Daha yarat\u0131c\u0131 olanlar Protein Imager ile dergi kapaklar\u0131 tasarl\u0131yor. Bilim ileti\u015fimi konusunda tutkulu olanlar, sosyal medya payla\u015f\u0131mlar\u0131 i\u00e7in g\u00f6z al\u0131c\u0131 g\u00f6rseller tasarlamak i\u00e7in Protein Imager'\u0131 kullan\u0131yor.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure>\n\n\n\n

Oxford \u00dcniversitesi'nden Profes\u00f6r Syma Khalid Structure dergisinin May\u0131s 2021 Cilt 29, Say\u0131 5 kapa\u011f\u0131 i\u00e7in tasar\u0131m \u00fcretti<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

Son olarak, Protein Imager, molek\u00fclleri Blender, Cinema 4D, Maya gibi 3D grafik programlar\u0131nda t\u0131bbi ill\u00fcstrat\u00f6rler taraf\u0131ndan kullan\u0131lan hacimsel dosyalar (VRML2 format\u0131) olarak d\u0131\u015fa aktarma se\u00e7ene\u011fine sahiptir.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure>\n\n\n\n

BioSciVisuals bilimsel ill\u00fcstrasyon st\u00fcdyosunun portf\u00f6y\u00fcnden bir g\u00f6rsel.<\/a> Protein Imager, profesyonel ill\u00fcstrasyon ara\u00e7lar\u0131n\u0131n yan\u0131 s\u0131ra nihai poster grafi\u011finde yer alan molek\u00fclleri g\u00f6stermek i\u00e7in kullan\u0131lm\u0131\u015ft\u0131r.<\/p>\n\n\n\n

\n
Mind the Graph'de \u00e7al\u0131\u015fmaya ba\u015flamaya haz\u0131r m\u0131s\u0131n\u0131z?<\/a><\/div>\n<\/div>\n\n\n\n

\u0130ll\u00fcstrasyonlar\u0131n\u0131z\u0131 ba\u015flat\u0131n<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

\u0130ll\u00fcstrasyon yolculu\u011funuza ba\u015flamak i\u00e7in temel ad\u0131mlar\u0131 g\u00f6zden ge\u00e7irelim, olur mu?<\/p>\n\n\n\n

1 - Molek\u00fcler yap\u0131y\u0131 y\u00fckleyin<\/h3>\n\n\n\n

Gitmek Protein G\u00f6r\u00fcnt\u00fcleyici<\/a> ve bilgisayar\u0131n\u0131zdan herhangi bir molek\u00fcler yap\u0131 y\u00fckleyebilir veya Protein Veri Bankas\u0131 veya Membranlardaki Proteinlerin Y\u00f6nelimleri (OPM) veritaban\u0131 gibi biyolojik veritabanlar\u0131ndan alabilirsiniz.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure>\n\n\n\n

2 - \u00d6zelle\u015ftirme<\/h3>\n\n\n\n

Sa\u011fdaki yap\u0131 paneli arac\u0131l\u0131\u011f\u0131yla molek\u00fcler temsili ve renk \u015femalar\u0131n\u0131 se\u00e7in, g\u00f6rselle\u015ftirme panelleri arac\u0131l\u0131\u011f\u0131yla g\u00f6lgelendirmeyi, \u0131\u015f\u0131klar\u0131, ortam t\u0131kan\u0131kl\u0131\u011f\u0131n\u0131 ayarlay\u0131n, sadece \u00f6nceden ayarlanm\u0131\u015f bir stil se\u00e7in.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure>\n\n\n\n

3 - G\u00f6r\u00fcnt\u00fcy\u00fc al\u0131n<\/h3>\n\n\n\n

Yap\u0131n\u0131z\u0131n g\u00f6r\u00fcn\u00fcm\u00fcnden memnun oldu\u011funuzda, render talebinde bulunun.<\/p>\n\n\n\n

Birka\u00e7 dakika i\u00e7inde ill\u00fcstrasyonu render panelinden y\u00fcksek kalitede indirebileceksiniz. Render talebinde bulunmak i\u00e7in ge\u00e7erli bir e-posta adresiyle kaydolman\u0131z gerekti\u011fini unutmay\u0131n.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure>\n\n\n\n

4 - \u0130\u015fbirlik\u00e7ilerinizle payla\u015f\u0131n<\/h3>\n\n\n\n

\u00c7al\u0131\u015fman\u0131zdan memnun oldu\u011funuzda, 25 MB'a kadar depolayan kullan\u0131c\u0131 klas\u00f6r\u00fcne kaydedebilirsiniz. Herkesin ayn\u0131 sayfada olmas\u0131 i\u00e7in ortak \u00e7al\u0131\u015fanlarla payla\u015fmak \u00fczere her proje i\u00e7in bir ba\u011flant\u0131 alabilirsiniz.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure>\n\n\n\n
\n
Mind The Graph'i Hemen \u015eimdi \u00dccretsiz Kullanmaya Ba\u015flay\u0131n!<\/a><\/div>\n<\/div>\n\n\n\n

Mind the Graph ve 3D Protein G\u00f6r\u00fcnt\u00fcleme<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Elbette, 3D Protein G\u00f6r\u00fcnt\u00fcleme ve Mind the Graph \u015fimdiye kadarki en iyi ortakl\u0131\u011f\u0131 olu\u015fturuyor! <\/p>\n\n\n\n

3D protein g\u00f6r\u00fcnt\u00fcn\u00fcz\u00fc kullanabilir ve bir saniye i\u00e7inde Mind the Graph'deki eserinize y\u00fckleyebilirsiniz. G\u00f6r\u00fcnt\u00fcleri nas\u0131l y\u00fckleyece\u011finizi \u00f6\u011frenmek i\u00e7in bir e\u011fitim videosu izleyebilirsiniz tam burada<\/a>. <\/p>\n\n\n\n

Ya da Mind the Graph olu\u015fturma sayfan\u0131za gidin ve Daha fazla<\/strong> sol men\u00fcn\u00fcz\u00fcn alt k\u0131sm\u0131nda, ard\u0131ndan Y\u00fckle<\/strong>resminizi se\u00e7in ve y\u00fcklendikten sonra resmi se\u00e7ip \u00e7al\u0131\u015fma alan\u0131n\u0131za s\u00fcr\u00fckleyin ve tamam! <\/p>\n\n\n\n

Ayr\u0131ca, protein g\u00f6rsellerinizle birlikte kullanmak i\u00e7in Mind the Graph Galeri'de bulunan herhangi bir ill\u00fcstrasyonu se\u00e7ebilirsiniz. <\/p>\n\n\n\n

Mind the Graph Galeri, 80'den fazla pop\u00fcler alanda 40.000'den fazla bilimsel olarak do\u011fru ill\u00fcstrasyon ile ara\u015ft\u0131rman\u0131z i\u00e7in g\u00f6rsel olarak \u00e7ekici bir\u00e7ok fig\u00fcre sahiptir. E\u011fer bir ill\u00fcstrasyona ihtiyac\u0131n\u0131z varsa, Mind the Graph'de bulabilirsiniz. <\/p>\n\n\n\n

Yine de, ihtiyac\u0131n\u0131z olan\u0131 bulamad\u0131ysan\u0131z veya \u00e7ok \u00f6zel bir ill\u00fcstrasyona ihtiyac\u0131n\u0131z varsa, ki\u015fiselle\u015ftirilmi\u015f bir ill\u00fcstrasyon talep edebilirsiniz ve Mind the Graph ill\u00fcstrasyon ekibi bunu sizin i\u00e7in tasarlayacakt\u0131r. Tek yapman\u0131z gereken Mind the Graph'yi doldurmak Simge \u0130ste<\/strong> formunu, \u00e7al\u0131\u015fma alan\u0131n\u0131z\u0131n i\u00e7inde, k\u0131sa bir a\u00e7\u0131klama ve referans bir g\u00f6rselle birlikte g\u00f6nderin. Bir hafta i\u00e7inde ki\u015fiselle\u015ftirilmi\u015f ill\u00fcstrasyonunuzu alacaks\u0131n\u0131z. <\/p>\n\n\n\n

\u0130nan\u0131lmaz, de\u011fil mi? <\/p>\n\n\n\n

Mind the Graph kullanarak bilim fig\u00fcr\u00fcn\u00fcz\u00fc nas\u0131l olu\u015fturabilece\u011finizi ve 3D Protein Imaging'den harici g\u00f6r\u00fcnt\u00fcleri nas\u0131l kullanabilece\u011finizi anlatan videoya g\u00f6z at\u0131n.<\/p>\n\n\n\n

\n