{"id":15202,"date":"2021-10-29T13:59:11","date_gmt":"2021-10-29T15:59:11","guid":{"rendered":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/?p=15202"},"modified":"2023-01-05T13:07:06","modified_gmt":"2023-01-05T16:07:06","slug":"mind-the-graph-and-3d-protein-imaging-2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/sl\/um-graf-a-3d-protein-imaging-2\/","title":{"rendered":"Mind the Graph in 3D slikanje proteinov"},"content":{"rendered":"

Ste kdaj posku\u0161ali ustvariti molekularno ilustracijo s klasi\u010dnimi molekularnimi pregledovalniki? \u010ce je odgovor pritrdilen, potem \u017ee poznate te\u017eave. <\/p>\n\n\n\n

Poiskati morate brezpla\u010dno razli\u010dico, ki vam ne bo sesula ra\u010dunalnika, in porabiti ve\u010d ur, da bi ugotovili, kako deluje, pri \u010demer lahko uporabite tudi nekaj programiranja. Borite se s programi, ki so zapleteni, neintuitivni in pogosto zahtevajo licenco.<\/p>\n\n\n\n

Obstaja re\u0161itev, ki se imenuje Proteinski prikazovalnik<\/a>!<\/p>\n\n\n\n

\n
Ustvarjanje u\u010dinkovitih znanstvenih figur v nekaj minutah<\/a><\/div>\n<\/div>\n\n\n\n

O programu Protein Imager<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Proteinski prikazovalnik<\/a> je brezpla\u010den spletni pregledovalnik molekul, ki omogo\u010da ustvarjanje molekularnih ilustracij v nekaj klikih. Razvili so ga znanstveniki iz 3D studio za slikanje proteinov<\/a> s ciljem racionalizacije ilustracije beljakovin.<\/p>\n\n\n\n

Zakaj Protein Imager?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Protein Imager se od drugih molekularnih pregledovalnikov razlikuje po preprostosti in dostopnosti. Za dostop do vseh funkcij Protein Imagerja se morate le prijaviti s svojo e-po\u0161to in internetno povezavo.<\/p>\n\n\n\n

Protein Imager ima uporabniku prijazen vmesnik, ki omogo\u010da prilagoditev molekularne ilustracije v vseh podrobnostih. Uporabnik lahko izbira med razli\u010dnimi prednastavljenimi slogi (risani, realisti\u010dni, grobozrnata povr\u0161ina) ali pa vizualizacijo prilagodi po svojih \u017eeljah.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a>
Primeri prednastavljenih slogov, ki jih je mogo\u010de uporabiti v napravi Protein Imager.<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

Predstavitve molekul (povr\u0161ina, risanka, krogle, palice itd.), na\u010dini barvanja, barve ozadja, sen\u010denje in okluzija okolice so le nekateri od nastavljivih parametrov, s katerimi se lahko uporabniki igrajo.<\/p>\n\n\n\n

\"\"\/<\/a><\/figure>\n\n\n\n

Strokovnjakom so na voljo tudi orodja za analizo podatkov, kot so superpozicija struktur, pregledovalnik zaporedij in izbire.<\/p>\n\n\n\n

Poleg tega je v celoti spletna, kar pomeni, da ni lokalne namestitve, zastarelih razli\u010dic ali te\u017eav z zdru\u017eljivostjo z operacijskimi sistemi. Vsako upodabljanje temelji na namenskem stre\u017eniku, \u010das upodabljanja pa je obi\u010dajno kraj\u0161i od 1 minute, odvisno od zahtevnosti ilustracije.<\/p>\n\n\n\n

\n
Za\u010dnite ustvarjati v Mind the Graph zdaj<\/a><\/div>\n<\/div>\n\n\n\n

Kdo uporablja Protein Imager?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Protein Imager je tako enostaven in intuitiven, da ga lahko izkoristi vsak, od \u0161tudentov do izku\u0161enih znanstvenikov. Uporabniki lahko sprostijo svojo ustvarjalnost in ustvarjajo znanstvene ilustracije za razli\u010dne namene. <\/p>\n\n\n\n

\u0160tevilni znanstveniki so uporabili Protein Imager za ponazoritev svojih raziskovalnih ugotovitev v svojih \u010dlankih ali grafi\u010dnih povzetkih. <\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure>\n\n\n\n

Protein Imager, ki ga uporablja znanstvenik Matteo Oliverio<\/a> za ustvarjanje grafi\u010dnih izvle\u010dkov.<\/p>\n\n\n\n

Bolj ustvarjalni oblikujejo naslovnice revij s programom Protein Imager. Tisti, ki se navdu\u0161ujejo nad znanstvenim komuniciranjem, uporabljajo Protein Imager za oblikovanje privla\u010dnih vizualnih podob za svoje objave v dru\u017eabnih medijih.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure>\n\n\n\n

Profesor Syma Khalid z Univerze v Oxfordu oblikoval naslovnico revije Structure, letnik 29, \u0161tevilka 5, za maj 2021.<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

Nazadnje ima Protein Imager mo\u017enost izvoza molekul kot volumetri\u010dnih datotek (format VRML2), ki jih uporabljajo medicinski ilustratorji v programih za 3D grafiko, kot so Blender, Cinema 4D in Maya.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure>\n\n\n\n

Slika iz portfelja studia za znanstveno ilustracijo BioSciVisuals.<\/a> Za ponazoritev molekul, vklju\u010denih v kon\u010dno grafi\u010dno podobo plakata, je bil poleg profesionalnih orodij za ilustracijo uporabljen tudi program Protein Imager.<\/p>\n\n\n\n

\n
Ste pripravljeni, da za\u010dnete delati v Mind the Graph?<\/a><\/div>\n<\/div>\n\n\n\n

Zagon ilustracij<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Preglejmo osnovne korake za za\u010detek poti do ilustracije, kajne?<\/p>\n\n\n\n

1 - nalo\u017eite molekularno strukturo<\/h3>\n\n\n\n

Pojdi na Proteinski prikazovalnik<\/a> in nalo\u017eite katero koli molekularno strukturo iz svojega ra\u010dunalnika ali jo prenesite iz biolo\u0161kih podatkovnih zbirk, kot sta Protein Data Bank ali podatkovna zbirka Orientations of Proteins in Membranes (OPM).<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure>\n\n\n\n

2 - Prilagoditev<\/h3>\n\n\n\n

Na desni strani plo\u0161\u010de s strukturo izberite predstavitev molekul in barvne sheme, na plo\u0161\u010dah z vizualizacijo pa nastavite sen\u010denje, lu\u010di, okluzijo okolice in preprosto izberite prednastavljeni slog.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure>\n\n\n\n

3 - Pridobite sliko<\/h3>\n\n\n\n

Ko ste zadovoljni z videzom svoje strukture, zahtevajte izris.<\/p>\n\n\n\n

V nekaj minutah boste lahko s plo\u0161\u010de za upodabljanje prenesli ilustracijo v visoki kakovosti. Upo\u0161tevajte, da se morate za zahtevo po upodabljanju registrirati z veljavnim e-po\u0161tnim naslovom.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure>\n\n\n\n

4 - Delite ga s sodelavci<\/h3>\n\n\n\n

Ko ste z delom zadovoljni, ga lahko shranite v uporabni\u0161ko mapo, v kateri lahko shranite do 25 MB. Za vsak projekt lahko dobite povezavo, ki jo lahko delite s sodelavci, tako da so vsi na isti strani.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure>\n\n\n\n
\n
Za\u010dnite uporabljati Mind The Graph prav zdaj brezpla\u010dno!<\/a><\/div>\n<\/div>\n\n\n\n

Mind the Graph in 3D slikanje proteinov<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Seveda sta 3D Protein Imaging in Mind the Graph najbolj\u0161e partnerstvo doslej! <\/p>\n\n\n\n

Svojo 3D sliko proteina lahko uporabite in jo v sekundi prenesete v svojo kreacijo v Mind the Graph. \u010ce \u017eelite izvedeti, kako nalo\u017eiti slike, si lahko ogledate vadbeni videoposnetek tukaj<\/a>. <\/p>\n\n\n\n

Ali pa pojdite v svojo kreacijo Mind the Graph, kliknite na Ve\u010d<\/strong> na dnu levega menija, nato pa Nalo\u017eite<\/strong>, izberite sliko, po nalaganju pa jo povlecite v delovni prostor in kon\u010dano! <\/p>\n\n\n\n

Poleg tega lahko izberete katero koli ilustracijo, ki je na voljo v galeriji Mind the Graph, in jo uporabite skupaj s slikami svojih proteinov. <\/p>\n\n\n\n

V galeriji Mind the Graph je veliko vizualno privla\u010dnih \u0161tevilk za va\u0161e raziskave, saj vsebuje ve\u010d kot 40 000 znanstveno natan\u010dnih ilustracij na ve\u010d kot 80 priljubljenih podro\u010djih. \u010ce potrebujete ilustracijo, jo lahko najdete na Mind the Graph. <\/p>\n\n\n\n

\u010ce niste na\u0161li, kar potrebujete, ali \u010de potrebujete zelo specifi\u010dno ilustracijo, lahko zahtevate prilagojeno ilustracijo in ekipa ilustratorjev Mind the Graph jo bo oblikovala za vas. Vse, kar morate storiti, je, da izpolnite Mind the Graph Zahtevajte ikono<\/strong> v delovnem prostoru s kratko razlago in referen\u010dno sliko. V enem tednu boste prejeli prilagojeno ilustracijo. <\/p>\n\n\n\n

Neverjetno, kajne? <\/p>\n\n\n\n

Oglejte si videoposnetek o tem, kako lahko ustvarite svojo znanstveno sliko z uporabo programa Mind the Graph in uporabite zunanje slike iz programa 3D Protein Imaging.<\/p>\n\n\n\n

\n