{"id":12130,"date":"2021-01-13T09:30:00","date_gmt":"2021-01-13T11:30:00","guid":{"rendered":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/?p=12130"},"modified":"2022-10-18T08:09:26","modified_gmt":"2022-10-18T11:09:26","slug":"pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch-assays","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/pt\/pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch-assays\/","title":{"rendered":"PyScratch: Uma nova ferramenta para processar informa\u00e7\u00f5es espaciais e temporais a partir de ensaios de Raspadinha"},"content":{"rendered":"

PyScratch \u00e9 um novo software de c\u00f3digo aberto implementado em Python para an\u00e1lise de ensaios de dados de migra\u00e7\u00e3o, com uma interface de f\u00e1cil utiliza\u00e7\u00e3o, permitindo que cientistas com poucas ou nenhumas habilidades de programa\u00e7\u00e3o possam us\u00e1-lo. <\/p>\n\n\n\n

O software foi projetado em uma parceria entre tr\u00eas cientistas brasileiros no laborat\u00f3rio NanoCell Interactions da Universidade de Campinas, em 2017. <\/p>\n\n\n\n

Ele nasceu da necessidade desses cientistas e hoje o prop\u00f3sito do software \u00e9 facilitar a pr\u00e1tica di\u00e1ria dos pesquisadores, excluir a an\u00e1lise manual, aumentar a reprodutibilidade e minimizar os erros humanos.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure><\/div>\n\n\n\n

A an\u00e1lise de imagens tem sido uma das formas mais importantes utilizadas pelos cientistas em diferentes metodologias para analisar resultados. <\/p>\n\n\n\n

N\u00e3o apenas o uso de microsc\u00f3pios automatizados aumentou nos \u00faltimos anos, mas tamb\u00e9m a complexidade dos dados adquiridos. <\/p>\n\n\n\n

Parte do trabalho de um cientista \u00e9 descobrir como lidar com um novo tipo de informa\u00e7\u00e3o, al\u00e9m disso, analisar e processar dados. <\/p>\n\n\n\n

Para que isso aconte\u00e7a, os cientistas precisam de ferramentas boas e especializadas para extrair e interpretar corretamente todos os dados.<\/p>\n\n\n\n

PyScratch foi criada para ajudar Fernanda Garcia-Fossa, uma pesquisadora bi\u00f3loga, a analisar uma enorme quantidade de dados de seus ensaios de migra\u00e7\u00e3o. <\/p>\n\n\n\n

\"Realizei o arranh\u00e3o das c\u00e9lulas cancerosas e incubei no equipamento durante 48 horas, adquirindo fotos a cada 15 minutos, e ao final de apenas uma experi\u00eancia, eu tinha cerca de mil fotos para ver e analisar! <\/p>\n\n\n\n

Era imposs\u00edvel faz\u00ea-lo manualmente\", diz Garcia-Fossa. Para resolver esse problema Garcia-Fossa foi at\u00e9 seu parceiro, o f\u00edsico Vladimir Gaal para ajudar, naquele tempo Gaal estava aprendendo Python, o que era uma grande oportunidade para colocar esse conhecimento em pr\u00e1tica.<\/p>\n\n\n\n

Assim, ambos trabalharam na solu\u00e7\u00e3o atrav\u00e9s de uma rotina Python, que reconheceu as \u00e1reas riscadas e exportou para um arquivo csv. <\/p>\n\n\n\n

\"Com o tempo, sentimos a necessidade de desenvolver uma interface de usu\u00e1rio que facilitasse ainda mais o uso, de modo que pud\u00e9ssemos publicar o software para qualquer pesquisador que precisasse usar tamb\u00e9m\", diz Garcia-Fossa sobre o artigo de software que voc\u00ea pode conferir clicando aqui<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

Garcia-Fossa tamb\u00e9m conta que demorou um pouco para reconhecer e definir a \u00e1rea de migra\u00e7\u00e3o das imagens, pois as imagens podem ser muito diferentes umas das outras por causa da luz, foco e contraste, e a vers\u00e3o usada hoje j\u00e1 pode analisar muito bem. <\/p>\n\n\n\n

No entanto, eles ainda est\u00e3o trabalhando no lan\u00e7amento de novas e melhores vers\u00f5es do software, uma vez que o artigo publicado trouxe algumas necessidades de melhoria por causa da demanda dos usu\u00e1rios.<\/p>\n\n\n\n

O ensaio usado para validar o desempenho do software, o ensaio de migra\u00e7\u00e3o, o ensaio de migra\u00e7\u00e3o, o ensaio de arranh\u00f5es, ou a cura de feridas, \u00e9 um ensaio comumente usado em biologia porque se torna poss\u00edvel analisar o mecanismo subjacente dos eventos celulares fisiol\u00f3gicos e patol\u00f3gicos. <\/p>\n\n\n\n

O estudo da cicatriza\u00e7\u00e3o de feridas \u00e9 uma forma importante de entender o desenvolvimento e modelagem de tecidos, al\u00e9m da angiog\u00eanese e do desenvolvimento de tumores. <\/p>\n\n\n\n

Quando o ensaio \u00e9 realizado em duas dimens\u00f5es, \u00e9 poss\u00edvel medir a rapidez com que as c\u00e9lulas reagem \u00e0 ferida, cobrindo a \u00e1rea definida.<\/p>\n\n\n\n

Em outras palavras, a experi\u00eancia basicamente \u00e9, criar uma lacuna na monocamada de c\u00e9lulas de conflu\u00eancia em uma placa. <\/p>\n\n\n\n

Com o tempo, para preencher a lacuna as c\u00e9lulas come\u00e7am a migrar, e a velocidade da migra\u00e7\u00e3o das c\u00e9lulas pode ser medida. <\/p>\n\n\n\n

Ent\u00e3o, para medir a velocidade de migra\u00e7\u00e3o das c\u00e9lulas elas precisam adquirir imagens, um monte delas, o que, por sua vez, \u00e9 uma etapa problem\u00e1tica da an\u00e1lise, pois requer medi\u00e7\u00e3o manual. <\/p>\n\n\n\n

Felizmente, hoje temos \u00e0 nossa disposi\u00e7\u00e3o muita tecnologia dispon\u00edvel para melhorar e atualizar nosso pipeline de an\u00e1lises, permitindo aos cientistas adotarem formas melhores e mais personalizadas de obter um resultado. <\/p>\n\n\n\n

Como Garcia-Fossa e Gaal o fizeram.<\/p>\n\n\n\n

Hoje \u00e9 poss\u00edvel encontrar outras ferramentas comerciais e n\u00e3o-comerciais dispon\u00edveis para processar a \u00e1rea de ferida. <\/p>\n\n\n\n

Mas eles n\u00e3o s\u00e3o simplesmente como PyScratch, e exigem do usu\u00e1rio algum n\u00edvel de programa\u00e7\u00e3o e tamb\u00e9m exigem aten\u00e7\u00e3o em tempo integral do usu\u00e1rio, tornando a an\u00e1lise mais suscet\u00edvel a erros humanos, mais o tempo que o pesquisador leva para analisar todas as fotos e dados.<\/p>\n\n\n\n

No artigo, os autores explicam como funciona o software. De todas as imagens feitas no experimento, o usu\u00e1rio recebe um arquivo de valores separados por v\u00edrgula (.cvs), uma sa\u00edda que armazena dados tabulares em texto puro. <\/p>\n\n\n\n

O usu\u00e1rio pode ent\u00e3o processar os dados em sua rotina habitual. Garcia-Fossa diz que o programa foi essencial, para sua tese de mestrado, \"O software transforma os dados de entrada em valores que fazem sentido biol\u00f3gico, como a velocidade de migra\u00e7\u00e3o das c\u00e9lulas\". <\/p>\n\n\n\n

Pude analisar melhor o efeito de minha nanopart\u00edcula nas c\u00e9lulas cancerosas da pr\u00f3stata e medir a velocidade de migra\u00e7\u00e3o celular, e o tempo exato para o bom fechamento, tudo gra\u00e7as ao PyScratch\".<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure><\/div>\n\n\n\n

Se voc\u00ea quiser experimentar o PyScratch para sua pesquisa, o software est\u00e1 dispon\u00edvel gratuitamente e todos da comunidade cient\u00edfica podem us\u00e1-lo, ajudando Garcia-Fossa e Gaal a aprimorar e melhorar o programa.<\/p>\n\n\n\n

 ____<\/p>\n\n\n\n

Como est\u00e1 indo sua experi\u00eancia com o Mind the Graph at\u00e9 agora? Ajude-nos a melhorar nossa plataforma para voc\u00ea e para muitos outros cientistas que publicam uma revis\u00e3o do Mind the Graph. Conte-nos sobre sua experi\u00eancia, basta clicar em aqui<\/a>. <\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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