![\"\"](\"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/wp-content\/uploads\/2021\/01\/pyscratch.png\")
<\/a><\/figure><\/div>\n\n\n\nAnaliza obrazu jest jednym z najwa\u017cniejszych sposob\u00f3w wykorzystywanych przez naukowc\u00f3w w r\u00f3\u017cnych metodologiach do analizy wynik\u00f3w. <\/p>\n\n\n\n
W ostatnich latach wzros\u0142o nie tylko wykorzystanie zautomatyzowanych mikroskop\u00f3w, ale tak\u017ce z\u0142o\u017cono\u015b\u0107 pozyskiwanych danych. <\/p>\n\n\n\n
Cz\u0119\u015bci\u0105 pracy naukowca jest odkrycie, jak radzi\u0107 sobie z nowym rodzajem informacji, poza tym analizowa\u0107 i przetwarza\u0107 dane. <\/p>\n\n\n\n
Aby tak si\u0119 sta\u0142o, naukowcy potrzebuj\u0105 dobrych i wyspecjalizowanych narz\u0119dzi do prawid\u0142owego wyodr\u0119bniania i interpretowania wszystkich danych.<\/p>\n\n\n\n
PyScratch zosta\u0142 stworzony, aby pom\u00f3c Fernandzie Garcia-Fossa, badaczce biologicznej, w analizie ogromnej ilo\u015bci danych z jej test\u00f3w migracji. <\/p>\n\n\n\n
\"Wykona\u0142em zarysowanie kom\u00f3rek rakowych i inkubowa\u0142em je w urz\u0105dzeniu przez 48 godzin, wykonuj\u0105c zdj\u0119cia co 15 minut, a pod koniec tylko jednego eksperymentu mia\u0142em oko\u0142o tysi\u0105ca zdj\u0119\u0107 do obejrzenia i przeanalizowania! <\/p>\n\n\n\n
Nie da\u0142o si\u0119 tego zrobi\u0107 r\u0119cznie\", m\u00f3wi Garcia-Fossa. Aby rozwi\u0105za\u0107 ten problem, Garcia-Fossa zwr\u00f3ci\u0142a si\u0119 o pomoc do swojego partnera, fizyka Vladimira Gaala. W tym czasie Gaal uczy\u0142 si\u0119 Pythona, co by\u0142o \u015bwietn\u0105 okazj\u0105 do wykorzystania tej wiedzy w praktyce.<\/p>\n\n\n\n
Tak wi\u0119c obaj pracowali nad rozwi\u0105zaniem za pomoc\u0105 procedury Pythona, kt\u00f3ra rozpoznawa\u0142a porysowane obszary i eksportowa\u0142a je do pliku csv. <\/p>\n\n\n\n
\"Z biegiem czasu poczuli\u015bmy potrzeb\u0119 opracowania interfejsu u\u017cytkownika, kt\u00f3ry uczyni\u0142by go jeszcze \u0142atwiejszym w u\u017cyciu, w ten spos\u00f3b mogliby\u015bmy opublikowa\u0107 oprogramowanie dla ka\u017cdego badacza, kt\u00f3ry r\u00f3wnie\u017c potrzebowa\u0142by go u\u017cy\u0107\", m\u00f3wi Garcia-Fossa o artykule na temat oprogramowania, kt\u00f3ry mo\u017cna sprawdzi\u0107. klikaj\u0105c tutaj<\/a>.<\/p>\n\n\n\n Garcia-Fossa powiedzia\u0142 r\u00f3wnie\u017c, \u017ce rozpoznanie i zdefiniowanie obszaru migracji na podstawie zdj\u0119\u0107 zaj\u0119\u0142o im troch\u0119 czasu, poniewa\u017c zdj\u0119cia mog\u0105 si\u0119 bardzo r\u00f3\u017cni\u0107 od siebie ze wzgl\u0119du na \u015bwiat\u0142o, ostro\u015b\u0107 i kontrast, a wersja u\u017cywana obecnie mo\u017ce ju\u017c ca\u0142kiem dobrze analizowa\u0107. <\/p>\n\n\n\n Niemniej jednak nadal pracuj\u0105 nad oprogramowaniem, wprowadzaj\u0105c nowe i lepsze wersje, poniewa\u017c opublikowany artyku\u0142 wskaza\u0142 na pewne potrzeby ulepsze\u0144 ze wzgl\u0119du na zapotrzebowanie u\u017cytkownik\u00f3w.<\/p>\n\n\n\n Test u\u017cywany do walidacji wydajno\u015bci oprogramowania, test migracji, test zadrapa\u0144 lub gojenia si\u0119 ran, jest testem powszechnie stosowanym w biologii, poniewa\u017c umo\u017cliwia analiz\u0119 mechanizmu le\u017c\u0105cego u podstaw fizjologicznych i patologicznych zdarze\u0144 kom\u00f3rkowych. <\/p>\n\n\n\n Badanie gojenia si\u0119 ran jest wa\u017cnym sposobem na zrozumienie rozwoju i modelowania tkanek, opr\u00f3cz angiogenezy i rozwoju nowotwor\u00f3w. <\/p>\n\n\n\n Gdy test jest wykonywany w dw\u00f3ch wymiarach, mo\u017cliwe jest zmierzenie, jak szybko kom\u00f3rki reaguj\u0105 na ran\u0119, obejmuj\u0105c okre\u015blony obszar.<\/p>\n\n\n\n Innymi s\u0142owy, eksperyment polega na utworzeniu luki w monowarstwie zlepionych kom\u00f3rek w p\u0142ytce naz\u0119bnej. <\/p>\n\n\n\n Z czasem, aby wype\u0142ni\u0107 luk\u0119, kom\u00f3rki zaczynaj\u0105 migrowa\u0107, a pr\u0119dko\u015b\u0107 migracji kom\u00f3rek mo\u017cna zmierzy\u0107. <\/p>\n\n\n\n Nast\u0119pnie, aby zmierzy\u0107 pr\u0119dko\u015b\u0107 migracji kom\u00f3rek, konieczne jest uzyskanie wielu obraz\u00f3w, co z kolei jest problematycznym etapem analizy, poniewa\u017c wymaga r\u0119cznego pomiaru. <\/p>\n\n\n\n Na szcz\u0119\u015bcie w dzisiejszych czasach mamy do dyspozycji wiele dost\u0119pnych technologii, kt\u00f3re usprawniaj\u0105 i ulepszaj\u0105 nasz proces analizy, umo\u017cliwiaj\u0105c naukowcom przyj\u0119cie lepszych i bardziej spersonalizowanych sposob\u00f3w uzyskiwania wynik\u00f3w. <\/p>\n\n\n\n Tak jak zrobili to Garcia-Fossa i Gaal.<\/p>\n\n\n\n Obecnie mo\u017cna znale\u017a\u0107 inne komercyjne i niekomercyjne narz\u0119dzia dost\u0119pne do przetwarzania obszaru rany. <\/p>\n\n\n\n Nie s\u0105 one jednak tak proste jak PyScratch i wymagaj\u0105 od u\u017cytkownika pewnego poziomu programowania, a tak\u017ce wymagaj\u0105 od u\u017cytkownika pe\u0142nej uwagi, przez co analiza jest bardziej podatna na b\u0142\u0119dy ludzkie, plus czas potrzebny badaczowi na analiz\u0119 wszystkich zdj\u0119\u0107 i danych.<\/p>\n\n\n\n W artykule autorzy wyja\u015bniaj\u0105, jak dzia\u0142a oprogramowanie. Ze wszystkich zdj\u0119\u0107 wykonanych w eksperymencie u\u017cytkownik otrzymuje plik z warto\u015bciami oddzielonymi przecinkami (.cvs), dane wyj\u015bciowe, kt\u00f3re przechowuj\u0105 dane tabelaryczne w postaci zwyk\u0142ego tekstu. <\/p>\n\n\n\n U\u017cytkownik mo\u017ce nast\u0119pnie przetwarza\u0107 dane w zwyk\u0142y spos\u00f3b. Garcia-Fossa m\u00f3wi, \u017ce program by\u0142 niezb\u0119dny do jej pracy magisterskiej: \"Oprogramowanie przekszta\u0142ca dane wej\u015bciowe w warto\u015bci, kt\u00f3re maj\u0105 sens biologiczny, takie jak pr\u0119dko\u015b\u0107 migracji kom\u00f3rek. <\/p>\n\n\n\n Dzi\u0119ki PyScratch mog\u0142em lepiej przeanalizowa\u0107 wp\u0142yw mojej nanocz\u0105steczki na kom\u00f3rki raka prostaty i zmierzy\u0107 pr\u0119dko\u015b\u0107 migracji kom\u00f3rek oraz dok\u0142adny czas dobrego zamkni\u0119cia\".<\/p>\n\n\n\n