{"id":12130,"date":"2021-01-13T09:30:00","date_gmt":"2021-01-13T11:30:00","guid":{"rendered":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/?p=12130"},"modified":"2022-10-18T08:09:26","modified_gmt":"2022-10-18T11:09:26","slug":"pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch-assays","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/nb\/pyscratch-romlig-og-temporal-informasjon-fra-scratch-analyser\/","title":{"rendered":"PyScratch: Et nytt verkt\u00f8y for \u00e5 behandle romlig og tidsmessig informasjon fra Scratch-analyser"},"content":{"rendered":"

PyScratch er en ny programvare med \u00e5pen kildekode implementert i Python for analyse av migrasjonsdata, med et brukervennlig grensesnitt som gj\u00f8r det mulig for forskere med f\u00e5 eller ingen programmeringsferdigheter \u00e5 bruke det. <\/p>\n\n\n\n

Programvaren ble utviklet i et samarbeid mellom tre brasilianske forskere ved NanoCell Interactions-laboratoriet ved universitetet i Campinas i 2017. <\/p>\n\n\n\n

Programvaren ble utviklet p\u00e5 bakgrunn av disse forskernes behov, og i dag er form\u00e5let med programvaren \u00e5 forenkle forskernes daglige arbeid, eliminere manuelle analyser, \u00f8ke reproduserbarheten og minimere menneskelige feil.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure><\/div>\n\n\n\n

Bildeanalyse har v\u00e6rt en av de viktigste m\u00e5tene forskere har brukt ulike metoder for \u00e5 analysere resultater p\u00e5. <\/p>\n\n\n\n

Det er ikke bare bruken av automatiserte mikroskoper som har \u00f8kt de siste \u00e5rene, men ogs\u00e5 kompleksiteten i dataene som innhentes. <\/p>\n\n\n\n

En del av forskerens jobb er \u00e5 finne ut hvordan man skal h\u00e5ndtere en ny type informasjon, i tillegg til \u00e5 analysere og behandle data. <\/p>\n\n\n\n

For at det skal skje, trenger forskerne gode og spesialiserte verkt\u00f8y for \u00e5 hente ut og tolke alle dataene p\u00e5 riktig m\u00e5te.<\/p>\n\n\n\n

PyScratch ble f\u00f8rst opprettet for \u00e5 hjelpe biolog og forsker Fernanda Garcia-Fossa med \u00e5 analysere store mengder data fra migrasjonsanalysene sine. <\/p>\n\n\n\n

\"Jeg klorte kreftcellene og inkuberte dem i utstyret i 48 timer, mens jeg tok bilder hvert 15. minutt, og p\u00e5 slutten av bare ett eksperiment hadde jeg rundt tusen bilder \u00e5 se p\u00e5 og analysere! <\/p>\n\n\n\n

Det var umulig \u00e5 gj\u00f8re det manuelt\", sier Garcia-Fossa. For \u00e5 l\u00f8se problemet fikk Garcia-Fossa hjelp av partneren sin, fysikeren Vladimir Gaal, som p\u00e5 den tiden var i ferd med \u00e5 l\u00e6re seg Python, noe som var en flott mulighet til \u00e5 bruke kunnskapen i praksis.<\/p>\n\n\n\n

S\u00e5 begge to jobbet i l\u00f8sningen gjennom en Python-rutine, som gjenkjente de ripete omr\u00e5dene og eksporterte til en csv-fil. <\/p>\n\n\n\n

\"Med tiden f\u00f8lte vi at det var n\u00f8dvendig \u00e5 utvikle et brukergrensesnitt som gjorde det enda enklere \u00e5 bruke, p\u00e5 den m\u00e5ten kunne vi publisere programvaren for alle forskere som ogs\u00e5 trengte \u00e5 bruke den\", sier Garcia-Fossa om programvareartikkelen som du kan sjekke ut ved \u00e5 klikke her<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

Garcia-Fossa forteller ogs\u00e5 at det tok en stund \u00e5 gjenkjenne og definere migrasjonsomr\u00e5det ut fra bildene, siden bildene kan v\u00e6re sv\u00e6rt forskjellige fra hverandre p\u00e5 grunn av lys, fokus og kontrast, og den versjonen som brukes i dag, kan allerede analysere ganske godt. <\/p>\n\n\n\n

Likevel jobber de fortsatt med programvaren og lanserer nye og bedre versjoner, siden den publiserte artikkelen har tatt opp noen forbedringsbehov p\u00e5 grunn av brukernes ettersp\u00f8rsel.<\/p>\n\n\n\n

Assayet som brukes til \u00e5 validere programvarens ytelse, migrasjonsassayet, scratch assayet eller s\u00e5rheling, er et assay som ofte brukes i biologi fordi det gj\u00f8r det mulig \u00e5 analysere de underliggende mekanismene for fysiologiske og patologiske cellehendelser. <\/p>\n\n\n\n

\u00c5 studere s\u00e5rheling er en viktig m\u00e5te \u00e5 forst\u00e5 utvikling og vevsmodellering p\u00e5, i tillegg til angiogenese og tumorutvikling. <\/p>\n\n\n\n

N\u00e5r analysen utf\u00f8res i to dimensjoner, er det mulig \u00e5 m\u00e5le hvor raskt cellene reagerer p\u00e5 s\u00e5ret og dekker det definerte omr\u00e5det.<\/p>\n\n\n\n

Eksperimentet g\u00e5r med andre ord ut p\u00e5 \u00e5 lage et hull i et monolag av konfluensceller i en plakk. <\/p>\n\n\n\n

Over tid begynner cellene \u00e5 migrere for \u00e5 fylle gapet, og hastigheten p\u00e5 cellemigrasjonen kan m\u00e5les. <\/p>\n\n\n\n

For \u00e5 m\u00e5le cellemigrasjonshastigheten m\u00e5 de ta mange bilder, noe som igjen er et problematisk trinn i analysen fordi det krever manuell m\u00e5ling. <\/p>\n\n\n\n

Heldigvis har vi i dag mye teknologi til r\u00e5dighet for \u00e5 forbedre og oppgradere analysene v\u00e5re, slik at forskerne kan ta i bruk bedre og mer persontilpassede metoder for \u00e5 oppn\u00e5 resultater. <\/p>\n\n\n\n

Som Garcia-Fossa og Gaal gjorde det.<\/p>\n\n\n\n

I dag er det mulig \u00e5 finne andre kommersielle og ikke-kommersielle verkt\u00f8y for behandling av s\u00e5romr\u00e5det. <\/p>\n\n\n\n

Men de er ikke like enkle som PyScratch, og krever et visst niv\u00e5 av programmering fra brukeren, og krever ogs\u00e5 full oppmerksomhet fra brukeren, noe som gj\u00f8r analysen mer utsatt for menneskelige feil, pluss tiden forskeren bruker p\u00e5 \u00e5 analysere alle bildene og dataene.<\/p>\n\n\n\n

I artikkelen forklarer forfatterne hvordan programvaren fungerer. Fra alle bildene som er tatt i eksperimentet, f\u00e5r brukeren en fil med kommaseparerte verdier (.cvs), en fil som lagrer tabelldata i ren tekst. <\/p>\n\n\n\n

The user then can process the data in their usual routine. Garcia-Fossa says that the program was essential, for her master\u2019s thesis, \u201cThe software transforms the input data into value that make biological sense, like cell migration velocity. <\/p>\n\n\n\n

Takket v\u00e6re PyScratch kunne jeg bedre analysere effekten av nanopartiklene mine p\u00e5 prostatakreftceller og m\u00e5le cellenes migrasjonshastighet, og den n\u00f8yaktige tiden for god lukking.\"<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure><\/div>\n\n\n\n

Hvis du \u00f8nsker \u00e5 pr\u00f8ve PyScratch til din forskning, er programvaren fritt tilgjengelig, og alle i forskersamfunnet har lov til \u00e5 bruke den, noe som hjelper Garcia-Fossa og Gaal med \u00e5 videreutvikle og forbedre programmet.<\/p>\n\n\n\n

 ____<\/p>\n\n\n\n

Hvordan er din erfaring med Mind the Graph s\u00e5 langt? Hjelp oss med \u00e5 forbedre plattformen v\u00e5r for deg og mange andre forskere ved \u00e5 legge inn en Mind the Graph-anmeldelse. Fortell oss om opplevelsen din ved \u00e5 klikke p\u00e5 her<\/a>. <\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

PyScratch er en ny programvare med \u00e5pen kildekode implementert i Python for analyse av migrasjonsdata, med et brukervennlig grensesnitt som gj\u00f8r det mulig for forskere med f\u00e5 eller ingen programmeringsferdigheter \u00e5 bruke den. Programvaren ble utviklet i et samarbeid mellom tre brasilianske forskere ved NanoCell Interactions-laboratoriet ved Universitetet i Campinas i 2017. Den ble [...]<\/p>","protected":false},"author":4,"featured_media":12133,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":[],"categories":[959,28],"tags":[817,554,964],"yoast_head":"\nA new tool for processing spatial and temporal information<\/title>\n<meta name=\"description\" content=\"Read this blog to know what PyScratch is and how that new tool processes spatial and temporal information from scratch assays.\" \/>\n<meta name=\"robots\" content=\"index, follow, max-snippet:-1, max-image-preview:large, max-video-preview:-1\" \/>\n<link rel=\"canonical\" href=\"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/nb\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/\" \/>\n<meta property=\"og:locale\" content=\"nb_NO\" \/>\n<meta property=\"og:type\" content=\"article\" \/>\n<meta property=\"og:title\" content=\"A new tool for processing spatial and temporal information\" \/>\n<meta property=\"og:description\" content=\"Read this blog to know what PyScratch is and how that new tool processes spatial and temporal information from scratch assays.\" \/>\n<meta property=\"og:url\" content=\"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/nb\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/\" \/>\n<meta property=\"og:site_name\" content=\"Mind the Graph Blog\" \/>\n<meta property=\"article:published_time\" content=\"2021-01-13T11:30:00+00:00\" \/>\n<meta property=\"article:modified_time\" content=\"2022-10-18T11:09:26+00:00\" \/>\n<meta property=\"og:image\" content=\"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/wp-content\/uploads\/2021\/01\/pyscratch-a-new-tool-to-process-spatial-and-temporal-information-from-scratch-assays.png\" \/>\n\t<meta property=\"og:image:width\" content=\"1123\" \/>\n\t<meta property=\"og:image:height\" content=\"612\" \/>\n\t<meta property=\"og:image:type\" content=\"image\/png\" \/>\n<meta name=\"author\" content=\"Fabricio Pamplona\" \/>\n<meta name=\"twitter:card\" content=\"summary_large_image\" \/>\n<meta name=\"twitter:label1\" content=\"Written by\" \/>\n\t<meta name=\"twitter:data1\" content=\"Fabricio Pamplona\" \/>\n\t<meta name=\"twitter:label2\" content=\"Est. reading time\" \/>\n\t<meta name=\"twitter:data2\" content=\"5 minutes\" \/>\n<!-- \/ Yoast SEO plugin. -->","yoast_head_json":{"title":"A new tool for processing spatial and temporal information","description":"Read this blog to know what PyScratch is and how that new tool processes spatial and temporal information from scratch assays.","robots":{"index":"index","follow":"follow","max-snippet":"max-snippet:-1","max-image-preview":"max-image-preview:large","max-video-preview":"max-video-preview:-1"},"canonical":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/nb\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/","og_locale":"nb_NO","og_type":"article","og_title":"A new tool for processing spatial and temporal information","og_description":"Read this blog to know what PyScratch is and how that new tool processes spatial and temporal information from scratch assays.","og_url":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/nb\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/","og_site_name":"Mind the Graph Blog","article_published_time":"2021-01-13T11:30:00+00:00","article_modified_time":"2022-10-18T11:09:26+00:00","og_image":[{"width":1123,"height":612,"url":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/wp-content\/uploads\/2021\/01\/pyscratch-a-new-tool-to-process-spatial-and-temporal-information-from-scratch-assays.png","type":"image\/png"}],"author":"Fabricio Pamplona","twitter_card":"summary_large_image","twitter_misc":{"Written by":"Fabricio Pamplona","Est. reading time":"5 minutes"},"schema":{"@context":"https:\/\/schema.org","@graph":[{"@type":"WebPage","@id":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/it\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/","url":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/it\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/","name":"A new tool for processing spatial and temporal information","isPartOf":{"@id":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/#website"},"datePublished":"2021-01-13T11:30:00+00:00","dateModified":"2022-10-18T11:09:26+00:00","author":{"@id":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/#\/schema\/person\/c8eaee6d8007ac319523c3ddc98cedd3"},"description":"Read this blog to know what PyScratch is and how that new tool processes spatial and temporal information from scratch assays.","breadcrumb":{"@id":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/it\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/#breadcrumb"},"inLanguage":"nb-NO","potentialAction":[{"@type":"ReadAction","target":["https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/it\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/"]}]},{"@type":"BreadcrumbList","@id":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/it\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/#breadcrumb","itemListElement":[{"@type":"ListItem","position":1,"name":"Home","item":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/"},{"@type":"ListItem","position":2,"name":"PyScratch: A New Tool to Process Spatial and Temporal Information from Scratch Assays"}]},{"@type":"WebSite","@id":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/#website","url":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/","name":"Mind the Graph Blog","description":"Your science can be beautiful!","potentialAction":[{"@type":"SearchAction","target":{"@type":"EntryPoint","urlTemplate":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/?s={search_term_string}"},"query-input":"required name=search_term_string"}],"inLanguage":"nb-NO"},{"@type":"Person","@id":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/#\/schema\/person\/c8eaee6d8007ac319523c3ddc98cedd3","name":"Fabricio Pamplona","image":{"@type":"ImageObject","inLanguage":"nb-NO","@id":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/#\/schema\/person\/image\/","url":"https:\/\/secure.gravatar.com\/avatar\/da6985d9f20ecb24f3238df103a638ac?s=96&d=mm&r=g","contentUrl":"https:\/\/secure.gravatar.com\/avatar\/da6985d9f20ecb24f3238df103a638ac?s=96&d=mm&r=g","caption":"Fabricio Pamplona"},"description":"Fabricio Pamplona is the founder of Mind the Graph - a tool used by over 400K users in 60 countries. He has a Ph.D. and solid scientific background in Psychopharmacology and experience as a Guest Researcher at the Max Planck Institute of Psychiatry (Germany) and Researcher in D'Or Institute for Research and Education (IDOR, Brazil). Fabricio holds over 2500 citations in Google Scholar. He has 10 years of experience in small innovative businesses, with relevant experience in product design and innovation management. Connect with him on LinkedIn - Fabricio Pamplona.","sameAs":["http:\/\/mindthegraph.com","https:\/\/www.linkedin.com\/in\/fabriciopamplona"],"url":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/nb\/author\/fabricio\/"}]}},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/nb\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/12130"}],"collection":[{"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/nb\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/nb\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/nb\/wp-json\/wp\/v2\/users\/4"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/nb\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=12130"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/nb\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/12130\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":12134,"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/nb\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/12130\/revisions\/12134"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/nb\/wp-json\/wp\/v2\/media\/12133"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/nb\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=12130"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/nb\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=12130"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/nb\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=12130"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}