{"id":12130,"date":"2021-01-13T09:30:00","date_gmt":"2021-01-13T11:30:00","guid":{"rendered":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/?p=12130"},"modified":"2022-10-18T08:09:26","modified_gmt":"2022-10-18T11:09:26","slug":"pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch-assays","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fr\/pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch-assays\/","title":{"rendered":"PyScratch : Un nouvel outil pour traiter les informations spatiales et temporelles des essais Scratch"},"content":{"rendered":"

PyScratch est un nouveau logiciel open-source impl\u00e9ment\u00e9 en Python pour l'analyse des donn\u00e9es de migration, avec une interface conviviale permettant aux scientifiques ayant peu ou pas de comp\u00e9tences en programmation de l'utiliser. <\/p>\n\n\n\n

Le logiciel a \u00e9t\u00e9 con\u00e7u dans le cadre d'un partenariat entre trois scientifiques br\u00e9siliens du laboratoire NanoCell Interactions de l'universit\u00e9 de Campinas en 2017. <\/p>\n\n\n\n

Il est n\u00e9 de la n\u00e9cessit\u00e9 de ces scientifiques, et aujourd'hui le logiciel a pour but de faciliter la pratique quotidienne des chercheurs, d'exclure l'analyse manuelle, d'augmenter la reproductibilit\u00e9 et de minimiser les erreurs humaines.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure><\/div>\n\n\n\n

L'analyse d'images est l'un des moyens les plus importants utilis\u00e9s par les scientifiques dans diff\u00e9rentes m\u00e9thodologies pour analyser les r\u00e9sultats. <\/p>\n\n\n\n

Non seulement l'utilisation de microscopes automatis\u00e9s a augment\u00e9 ces derni\u00e8res ann\u00e9es, mais aussi la complexit\u00e9 des donn\u00e9es acquises. <\/p>\n\n\n\n

Une partie du travail d'un scientifique consiste \u00e0 d\u00e9couvrir comment traiter un nouveau type d'informations, en plus des donn\u00e9es, les analyser et les traiter. <\/p>\n\n\n\n

Pour ce faire, les scientifiques ont besoin de bons outils sp\u00e9cialis\u00e9s pour extraire et interpr\u00e9ter correctement toutes les donn\u00e9es.<\/p>\n\n\n\n

PyScratch a d'abord \u00e9t\u00e9 cr\u00e9\u00e9 pour aider Fernanda Garcia-Fossa, une chercheuse biologiste, \u00e0 analyser une \u00e9norme quantit\u00e9 de donn\u00e9es provenant de ses essais de migration. <\/p>\n\n\n\n

\"J'ai effectu\u00e9 le grattage des cellules canc\u00e9reuses et les ai incub\u00e9es dans l'\u00e9quipement pendant 48 heures, en acqu\u00e9rant des images toutes les 15 minutes, et \u00e0 la fin d'une seule exp\u00e9rience, j'avais environ un millier d'images \u00e0 regarder et \u00e0 analyser ! <\/p>\n\n\n\n

Il \u00e9tait impossible de le faire manuellement\", explique Garcia-Fossa. Pour r\u00e9soudre ce probl\u00e8me, Garcia-Fossa a demand\u00e9 l'aide de son partenaire, le physicien Vladimir Gaal. \u00c0 cette \u00e9poque, Gaal apprenait Python, ce qui \u00e9tait une excellente occasion de mettre ces connaissances en pratique.<\/p>\n\n\n\n

Ils ont donc tous deux travaill\u00e9 \u00e0 la solution par le biais d'une routine Python, qui a reconnu les zones ray\u00e9es et les a export\u00e9es vers un fichier csv. <\/p>\n\n\n\n

\"Avec le temps, nous avons ressenti la n\u00e9cessit\u00e9 de d\u00e9velopper une interface utilisateur encore plus facile \u00e0 utiliser, de mani\u00e8re \u00e0 pouvoir publier le logiciel pour tout chercheur qui en aurait besoin\", explique Garcia-Fossa \u00e0 propos de l'article sur le logiciel que vous pouvez consulter. en cliquant ici<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

Garcia-Fossa raconte \u00e9galement qu'il leur a fallu du temps pour reconna\u00eetre et d\u00e9finir la zone de migration \u00e0 partir des images, car les photos peuvent \u00eatre tr\u00e8s diff\u00e9rentes les unes des autres en raison de la lumi\u00e8re, de la mise au point et du contraste, et la version utilis\u00e9e aujourd'hui peut d\u00e9j\u00e0 analyser assez bien. <\/p>\n\n\n\n

N\u00e9anmoins, ils continuent \u00e0 travailler sur le logiciel en lan\u00e7ant de nouvelles et meilleures versions, puisque l'article publi\u00e9 a mis en \u00e9vidence certains besoins d'am\u00e9lioration en raison de la demande des utilisateurs.<\/p>\n\n\n\n

L'essai utilis\u00e9 pour valider les performances du logiciel, l'essai de migration, ou essai de grattage, ou cicatrisation, est un essai couramment utilis\u00e9 en biologie car il permet d'analyser le m\u00e9canisme sous-jacent des \u00e9v\u00e9nements cellulaires physiologiques et pathologiques. <\/p>\n\n\n\n

L'\u00e9tude de la cicatrisation est un moyen important de comprendre le d\u00e9veloppement et la mod\u00e9lisation des tissus, outre l'angiogen\u00e8se et le d\u00e9veloppement des tumeurs. <\/p>\n\n\n\n

Lorsque le test est effectu\u00e9 en deux dimensions, il est possible de mesurer la vitesse \u00e0 laquelle les cellules r\u00e9agissent \u00e0 la plaie, en couvrant la zone d\u00e9finie.<\/p>\n\n\n\n

En d'autres termes, l'exp\u00e9rience consiste essentiellement \u00e0 cr\u00e9er un vide dans la monocouche de cellules de confluence d'une plaque. <\/p>\n\n\n\n

Au fil du temps, pour combler l'espace, les cellules commencent \u00e0 migrer, et la vitesse de migration des cellules peut \u00eatre mesur\u00e9e. <\/p>\n\n\n\n

Ensuite, pour mesurer la vitesse de migration des cellules, ils doivent acqu\u00e9rir des images, un grand nombre d'images, ce qui constitue une \u00e9tape probl\u00e9matique de l'analyse car elle n\u00e9cessite une mesure manuelle. <\/p>\n\n\n\n

Heureusement, nous disposons aujourd'hui de nombreuses technologies permettant d'am\u00e9liorer et de moderniser notre pipeline d'analyse, ce qui permet aux scientifiques d'adopter des m\u00e9thodes plus efficaces et plus personnalis\u00e9es pour obtenir un r\u00e9sultat. <\/p>\n\n\n\n

Comme Garcia-Fossa et Gaal l'ont fait.<\/p>\n\n\n\n

Il est aujourd'hui possible de trouver d'autres outils commerciaux et non commerciaux disponibles pour traiter la zone de la plaie. <\/p>\n\n\n\n

Mais ils ne sont pas aussi simples que PyScratch, et exigent de l'utilisateur un certain niveau de programmation. Ils requi\u00e8rent \u00e9galement une attention permanente de la part de l'utilisateur, ce qui rend l'analyse plus sensible aux erreurs humaines, sans compter le temps que prend le chercheur pour analyser toutes les images et les donn\u00e9es.<\/p>\n\n\n\n

Dans l'article, les auteurs expliquent le fonctionnement du logiciel. \u00c0 partir de toutes les photos prises au cours de l'exp\u00e9rience, l'utilisateur obtient un fichier de valeurs s\u00e9par\u00e9es par des virgules (.cvs), une sortie qui stocke les donn\u00e9es tabulaires en texte clair. <\/p>\n\n\n\n

L'utilisateur peut ensuite traiter les donn\u00e9es dans sa routine habituelle. Garcia-Fossa explique que le programme \u00e9tait essentiel pour son m\u00e9moire de ma\u00eetrise : \"Le logiciel transforme les donn\u00e9es d'entr\u00e9e en valeurs qui ont un sens biologique, comme la vitesse de migration des cellules. <\/p>\n\n\n\n

J'ai pu mieux analyser l'effet de ma nanoparticule sur les cellules canc\u00e9reuses de la prostate et mesurer la vitesse de migration des cellules, ainsi que le moment exact de la bonne fermeture, tout cela gr\u00e2ce \u00e0 PyScratch.\"<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure><\/div>\n\n\n\n

Si vous souhaitez essayer PyScratch pour vos recherches, le logiciel est disponible gratuitement et toute personne de la communaut\u00e9 scientifique est autoris\u00e9e \u00e0 l'utiliser, ce qui aide Garcia-Fossa et Gaal \u00e0 am\u00e9liorer le programme.<\/p>\n\n\n\n

 ____<\/p>\n\n\n\n

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