{"id":12130,"date":"2021-01-13T09:30:00","date_gmt":"2021-01-13T11:30:00","guid":{"rendered":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/?p=12130"},"modified":"2022-10-18T08:09:26","modified_gmt":"2022-10-18T11:09:26","slug":"pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch-assays","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fi\/pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch-assays\/","title":{"rendered":"PyScratch: Scratch Assays: Uusi ty\u00f6kalu Scratch-testien alueellisen ja ajallisen tiedon k\u00e4sittelyyn."},"content":{"rendered":"

PyScratch on uusi Python-kielell\u00e4 toteutettu avoimen l\u00e4hdekoodin ohjelmisto, joka on tarkoitettu migraatiodatan analysointiin ja jonka k\u00e4ytt\u00e4j\u00e4yst\u00e4v\u00e4llinen k\u00e4ytt\u00f6liittym\u00e4 mahdollistaa sen k\u00e4yt\u00f6n my\u00f6s tutkijoille, joilla on vain v\u00e4h\u00e4n tai ei lainkaan ohjelmointitaitoja. <\/p>\n\n\n\n

Ohjelmisto suunniteltiin kolmen brasilialaisen tutkijan yhteisty\u00f6n\u00e4 Campinasin yliopiston NanoCell Interactions -laboratoriossa vuonna 2017. <\/p>\n\n\n\n

Se syntyi n\u00e4iden tutkijoiden tarpeesta, ja nyky\u00e4\u00e4n ohjelmiston tarkoituksena on helpottaa tutkijoiden p\u00e4ivitt\u00e4ist\u00e4 toimintaa, poistaa manuaalinen analyysi, lis\u00e4t\u00e4 toistettavuutta ja minimoida inhimilliset virheet.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure><\/div>\n\n\n\n

Kuva-analyysi on ollut yksi t\u00e4rkeimmist\u00e4 tavoista, joita tutkijat ovat k\u00e4ytt\u00e4neet eri menetelmiss\u00e4 tulosten analysointiin. <\/p>\n\n\n\n

Automaattisten mikroskooppien k\u00e4ytt\u00f6 on lis\u00e4\u00e4ntynyt viime vuosina, mutta my\u00f6s saatujen tietojen monimutkaisuus on lis\u00e4\u00e4ntynyt. <\/p>\n\n\n\n

Osa tiedemiehen ty\u00f6t\u00e4 on selvitt\u00e4\u00e4, miten k\u00e4sitell\u00e4 uudenlaista tietoa, analysoida ja k\u00e4sitell\u00e4 tietoja. <\/p>\n\n\n\n

T\u00e4t\u00e4 varten tutkijat tarvitsevat hyvi\u00e4 ja erikoistuneita ty\u00f6kaluja, jotta he voivat poimia ja tulkita kaikki tiedot oikein.<\/p>\n\n\n\n

PyScratch luotiin alun perin auttamaan biologian tutkijaa Fernanda Garcia-Fossaa analysoimaan valtavaa m\u00e4\u00e4r\u00e4\u00e4 dataa migraatiom\u00e4\u00e4rityksist\u00e4. <\/p>\n\n\n\n

\"Suoritin sy\u00f6p\u00e4solujen raaputuksen ja inkuboin laitteistossa 48 tuntia, otin kuvia 15 minuutin v\u00e4lein, ja vain yhden kokeen p\u00e4\u00e4tteeksi minulla oli noin tuhat kuvaa katsottavana ja analysoitavana! <\/p>\n\n\n\n

Sit\u00e4 oli mahdotonta tehd\u00e4 manuaalisesti\", Garcia-Fossa sanoo. Ongelman ratkaisemiseksi Garcia-Fossa pyysi apuun yhteisty\u00f6kumppaniaan, fyysikko Vladimir Gaalia, joka tuohon aikaan opetteli Pythonia, mik\u00e4 oli loistava tilaisuus soveltaa tietojaan k\u00e4yt\u00e4nt\u00f6\u00f6n.<\/p>\n\n\n\n

Molemmat ty\u00f6skenteliv\u00e4t ratkaisussa Python-rutiinin avulla, joka tunnisti naarmuuntuneet alueet ja vei ne csv-tiedostoon. <\/p>\n\n\n\n

\"Kun aika, tunsimme tarvetta kehitt\u00e4\u00e4 k\u00e4ytt\u00f6liittym\u00e4, joka tekee viel\u00e4 helpompi k\u00e4ytt\u00e4\u00e4, sill\u00e4 tavalla voisimme julkaista ohjelmiston kaikille tutkijoille, jotka tarvitsivat k\u00e4ytt\u00e4\u00e4 my\u00f6s\", sanoo Garcia-Fossa noin ohjelmisto artikkeli, ett\u00e4 voit tarkistaa sen ulos klikkaamalla t\u00e4st\u00e4<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

Garcia-Fossa kertoo my\u00f6s, ett\u00e4 vaellusalueen tunnistaminen ja m\u00e4\u00e4ritt\u00e4minen kuvista kesti jonkin aikaa, koska kuvat voivat olla hyvin erilaisia valon, tarkennuksen ja kontrastin vuoksi, ja nyky\u00e4\u00e4n k\u00e4ytetty versio pystyy jo analysoimaan melko hyvin. <\/p>\n\n\n\n

He ty\u00f6skentelev\u00e4t kuitenkin edelleen ohjelmiston parissa ja julkaisevat uusia ja parempia versioita, sill\u00e4 julkaistussa artikkelissa on tuotu esiin joitakin parannustarpeita k\u00e4ytt\u00e4jien kysynn\u00e4n vuoksi.<\/p>\n\n\n\n

Ohjelmiston suorituskyvyn validointiin k\u00e4ytetty testi, migraatiomittaus, raaputuskoe tai haavan paraneminen, on biologiassa yleisesti k\u00e4ytetty testi, koska sen avulla voidaan analysoida fysiologisten ja patologisten solutapahtumien taustalla olevia mekanismeja. <\/p>\n\n\n\n

Haavan paranemisen tutkiminen on t\u00e4rke\u00e4 tapa ymm\u00e4rt\u00e4\u00e4 kehityst\u00e4 ja kudosten mallintamista, angiogeneesin ja kasvainten kehityksen lis\u00e4ksi. <\/p>\n\n\n\n

Kun m\u00e4\u00e4ritys tehd\u00e4\u00e4n kaksiulotteisena, voidaan mitata, kuinka nopeasti solut reagoivat haavaan, joka kattaa m\u00e4\u00e4ritellyn alueen.<\/p>\n\n\n\n

Toisin sanoen koe on periaatteessa seuraava: luodaan aukko monokerroksiseen solukerrokseen, joka koostuu plakkiin sulautuneista soluista. <\/p>\n\n\n\n

Ajan mittaan solut alkavat vaeltaa t\u00e4ytt\u00e4\u00e4kseen aukon, ja solujen vaellusnopeus voidaan mitata. <\/p>\n\n\n\n

Sitten solujen siirtymisnopeuden mittaamiseksi on otettava kuvia, ja niit\u00e4 on otettava useita, mik\u00e4 puolestaan on ongelmallinen vaihe analyysiss\u00e4, koska se edellytt\u00e4\u00e4 manuaalista mittausta. <\/p>\n\n\n\n

Onneksi meill\u00e4 on nyky\u00e4\u00e4n k\u00e4yt\u00f6ss\u00e4mme paljon teknologiaa, jonka avulla voimme parantaa ja p\u00e4ivitt\u00e4\u00e4 analyysiputkeamme, jolloin tutkijat voivat ottaa k\u00e4ytt\u00f6\u00f6n parempia ja yksil\u00f6llisempi\u00e4 tapoja saada tuloksia. <\/p>\n\n\n\n

Kuten Garcia-Fossa ja Gaal tekiv\u00e4t sen.<\/p>\n\n\n\n

Nyky\u00e4\u00e4n on mahdollista l\u00f6yt\u00e4\u00e4 muita kaupallisia ja ei-kaupallisia ty\u00f6kaluja haava-alueen k\u00e4sittelyyn. <\/p>\n\n\n\n

Ne eiv\u00e4t kuitenkaan ole yht\u00e4 yksinkertaisia kuin PyScratch, ja ne vaativat k\u00e4ytt\u00e4j\u00e4lt\u00e4 jonkinasteista ohjelmointitaitoa ja vaativat my\u00f6s kokoaikaista huomiota k\u00e4ytt\u00e4j\u00e4lt\u00e4, jolloin analyysi on alttiimpi inhimillisille virheille, ja lis\u00e4ksi tutkijalta kuluu aikaa kaikkien kuvien ja tietojen analysointiin.<\/p>\n\n\n\n

Artikkelissa kirjoittajat selitt\u00e4v\u00e4t, miten ohjelmisto toimii. Kaikista kokeessa tehdyist\u00e4 kuvista k\u00e4ytt\u00e4j\u00e4 saa pilkulla erotettujen arvojen (.cvs) tiedoston, joka on tuloste, johon tallennetaan taulukkomuotoiset tiedot tavallisena tekstin\u00e4. <\/p>\n\n\n\n

K\u00e4ytt\u00e4j\u00e4 voi sitten k\u00e4sitell\u00e4 tietoja tavalliseen tapaansa. Garcia-Fossa sanoo, ett\u00e4 ohjelma oli v\u00e4ltt\u00e4m\u00e4t\u00f6n h\u00e4nen maisterintutkielmansa kannalta: \"Ohjelmisto muuntaa sy\u00f6tetyt tiedot biologisesti j\u00e4rkeviksi arvoiksi, kuten solujen siirtymisnopeudeksi. <\/p>\n\n\n\n

Pystyin analysoimaan paremmin nanohiukkaseni vaikutusta eturauhassy\u00f6p\u00e4soluihin ja mittaamaan solujen siirtymisnopeuden sek\u00e4 tarkan ajan hyv\u00e4n sulkeutumisen, ja kaikki t\u00e4m\u00e4 PyScratchin ansiosta.\"<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/a><\/figure><\/div>\n\n\n\n

Jos haluat kokeilla PyScratchia omassa tutkimuksessasi, ohjelmisto on vapaasti saatavilla, ja kaikki tiedeyhteis\u00f6n j\u00e4senet saavat k\u00e4ytt\u00e4\u00e4 sit\u00e4, mik\u00e4 auttaa Garcia-Fossaa ja Gaalia kehitt\u00e4m\u00e4\u00e4n ja parantamaan ohjelmaa.<\/p>\n\n\n\n

 ____<\/p>\n\n\n\n

Miten Mind the Graph-kokemuksesi on sujunut t\u00e4h\u00e4n menness\u00e4? Auta meit\u00e4 parantamaan alustaa sinulle ja monille muille tutkijoille l\u00e4hett\u00e4m\u00e4ll\u00e4 Mind the Graph-arvostelu. Kerro meille kokemuksestasi, klikkaa vain t\u00e4\u00e4ll\u00e4<\/a>. <\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

PyScratch on uusi Python-kielell\u00e4 toteutettu avoimen l\u00e4hdekoodin ohjelmisto, joka on tarkoitettu migraatiodatan analysointiin ja jonka k\u00e4ytt\u00e4j\u00e4yst\u00e4v\u00e4llinen k\u00e4ytt\u00f6liittym\u00e4 mahdollistaa sen k\u00e4yt\u00f6n my\u00f6s tutkijoille, joilla on vain v\u00e4h\u00e4n tai ei lainkaan ohjelmointitaitoja. Ohjelmisto suunniteltiin kolmen brasilialaisen tutkijan yhteisty\u00f6n\u00e4 Campinasin yliopiston NanoCell Interactions -laboratoriossa vuonna 2017. Se oli [...]<\/p>","protected":false},"author":4,"featured_media":12133,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":[],"categories":[959,28],"tags":[817,554,964],"yoast_head":"\nA new tool for processing spatial and temporal information<\/title>\n<meta name=\"description\" content=\"Read this blog to know what PyScratch is and how that new tool processes spatial and temporal information from scratch assays.\" \/>\n<meta name=\"robots\" content=\"index, follow, max-snippet:-1, max-image-preview:large, max-video-preview:-1\" \/>\n<link rel=\"canonical\" href=\"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fi\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/\" \/>\n<meta property=\"og:locale\" content=\"fi_FI\" \/>\n<meta property=\"og:type\" content=\"article\" \/>\n<meta property=\"og:title\" content=\"A new tool for processing spatial and temporal information\" \/>\n<meta property=\"og:description\" content=\"Read this blog to know what PyScratch is and how that new tool processes spatial and temporal information from scratch assays.\" \/>\n<meta property=\"og:url\" content=\"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fi\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/\" \/>\n<meta property=\"og:site_name\" content=\"Mind the Graph Blog\" \/>\n<meta property=\"article:published_time\" content=\"2021-01-13T11:30:00+00:00\" \/>\n<meta property=\"article:modified_time\" content=\"2022-10-18T11:09:26+00:00\" \/>\n<meta property=\"og:image\" content=\"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/wp-content\/uploads\/2021\/01\/pyscratch-a-new-tool-to-process-spatial-and-temporal-information-from-scratch-assays.png\" \/>\n\t<meta property=\"og:image:width\" content=\"1123\" \/>\n\t<meta property=\"og:image:height\" content=\"612\" \/>\n\t<meta property=\"og:image:type\" content=\"image\/png\" \/>\n<meta name=\"author\" content=\"Fabricio Pamplona\" \/>\n<meta name=\"twitter:card\" content=\"summary_large_image\" \/>\n<meta name=\"twitter:label1\" content=\"Written by\" \/>\n\t<meta name=\"twitter:data1\" content=\"Fabricio Pamplona\" \/>\n\t<meta name=\"twitter:label2\" content=\"Est. reading time\" \/>\n\t<meta name=\"twitter:data2\" content=\"5 minutes\" \/>\n<!-- \/ Yoast SEO plugin. -->","yoast_head_json":{"title":"A new tool for processing spatial and temporal information","description":"Read this blog to know what PyScratch is and how that new tool processes spatial and temporal information from scratch assays.","robots":{"index":"index","follow":"follow","max-snippet":"max-snippet:-1","max-image-preview":"max-image-preview:large","max-video-preview":"max-video-preview:-1"},"canonical":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fi\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/","og_locale":"fi_FI","og_type":"article","og_title":"A new tool for processing spatial and temporal information","og_description":"Read this blog to know what PyScratch is and how that new tool processes spatial and temporal information from scratch assays.","og_url":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fi\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/","og_site_name":"Mind the Graph Blog","article_published_time":"2021-01-13T11:30:00+00:00","article_modified_time":"2022-10-18T11:09:26+00:00","og_image":[{"width":1123,"height":612,"url":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/wp-content\/uploads\/2021\/01\/pyscratch-a-new-tool-to-process-spatial-and-temporal-information-from-scratch-assays.png","type":"image\/png"}],"author":"Fabricio Pamplona","twitter_card":"summary_large_image","twitter_misc":{"Written by":"Fabricio Pamplona","Est. reading time":"5 minutes"},"schema":{"@context":"https:\/\/schema.org","@graph":[{"@type":"WebPage","@id":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/it\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/","url":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/it\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/","name":"A new tool for processing spatial and temporal information","isPartOf":{"@id":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/#website"},"datePublished":"2021-01-13T11:30:00+00:00","dateModified":"2022-10-18T11:09:26+00:00","author":{"@id":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/#\/schema\/person\/c8eaee6d8007ac319523c3ddc98cedd3"},"description":"Read this blog to know what PyScratch is and how that new tool processes spatial and temporal information from scratch assays.","breadcrumb":{"@id":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/it\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/#breadcrumb"},"inLanguage":"fi","potentialAction":[{"@type":"ReadAction","target":["https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/it\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/"]}]},{"@type":"BreadcrumbList","@id":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/it\/saggi-pyscratch-spatial-and-temporal-information-from-scratch\/#breadcrumb","itemListElement":[{"@type":"ListItem","position":1,"name":"Home","item":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/"},{"@type":"ListItem","position":2,"name":"PyScratch: A New Tool to Process Spatial and Temporal Information from Scratch Assays"}]},{"@type":"WebSite","@id":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/#website","url":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/","name":"Mind the Graph Blog","description":"Your science can be beautiful!","potentialAction":[{"@type":"SearchAction","target":{"@type":"EntryPoint","urlTemplate":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/?s={search_term_string}"},"query-input":"required name=search_term_string"}],"inLanguage":"fi"},{"@type":"Person","@id":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/#\/schema\/person\/c8eaee6d8007ac319523c3ddc98cedd3","name":"Fabricio Pamplona","image":{"@type":"ImageObject","inLanguage":"fi","@id":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/#\/schema\/person\/image\/","url":"https:\/\/secure.gravatar.com\/avatar\/da6985d9f20ecb24f3238df103a638ac?s=96&d=mm&r=g","contentUrl":"https:\/\/secure.gravatar.com\/avatar\/da6985d9f20ecb24f3238df103a638ac?s=96&d=mm&r=g","caption":"Fabricio Pamplona"},"description":"Fabricio Pamplona is the founder of Mind the Graph - a tool used by over 400K users in 60 countries. He has a Ph.D. and solid scientific background in Psychopharmacology and experience as a Guest Researcher at the Max Planck Institute of Psychiatry (Germany) and Researcher in D'Or Institute for Research and Education (IDOR, Brazil). Fabricio holds over 2500 citations in Google Scholar. He has 10 years of experience in small innovative businesses, with relevant experience in product design and innovation management. Connect with him on LinkedIn - Fabricio Pamplona.","sameAs":["http:\/\/mindthegraph.com","https:\/\/www.linkedin.com\/in\/fabriciopamplona"],"url":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fi\/author\/fabricio\/"}]}},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/12130"}],"collection":[{"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fi\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fi\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fi\/wp-json\/wp\/v2\/users\/4"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fi\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=12130"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/12130\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":12134,"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/12130\/revisions\/12134"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fi\/wp-json\/wp\/v2\/media\/12133"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fi\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=12130"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fi\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=12130"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/mindthegraph.com\/blog\/fi\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=12130"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}